近年來，國企附屬醫院因受制于原有僵化的管理經營體制和投入不足而生存艱難，一方面要面對公立醫院的競爭，另一方面要與民營醫院爭奪市場，經營陷入困境的不在少數。
事實上，在國有企業改革的大背景下，國企醫院的改革早于十多年前就已經展開，而且模式多樣。在上海、廣州等經濟較為發達的地區，部分企業醫院被整體移交給地方政府接管，如上海一紡、二紡醫院等，這些由政府接管的企業醫院，被納入所在區域衛生醫療機構，與政府所辦公立醫院同等待遇。另一種情況是由地方政府託管，納入區域衛生計劃，實行行業管理，由企業移交時補貼三到五年的費用，但未被列入事業單位，而是實行自收自支管理，政府只在專項費用如公共衛生、社區服務、突發事件等方面予以補助。鐵路部門下屬的職工醫院改制就是實行這種模式。第三種情況是由企業醫院引入社會資本，原企業投資比例減小，3－5年後逐步退出。這種模式多見於一些技術力量雄厚、級別較高、有較好醫療市場的企業醫院，由醫學院改編成附屬醫院，或由一些醫療投資集團合併，如北京鐵路總醫院等。
還有一些大型國有企業所屬的總醫院和所屬企業的一、二級醫院等，通過利用自身優勢組建醫療集團，打造超級“航母”，獨立在醫療市場中競爭、發展、壯大，這些醫療集團有一定的抗風險能力、有自我生存和發展能力。大慶醫療集團、首鋼醫療集團等就是比較典型的例子。所有權與經營權分離的“託管”模式近幾年也比較流行，這種模式一方面能使管理方和被管理方更好地合作，也很受政府和企業歡迎。比如中美華醫投資管理有限公司曾託管隸屬於成都中鐵二局的中心醫院3年。而南京港口醫院則由台灣明基公司託管二十年，被稱為成功的“明基模式”。
中石化系統的安慶石化醫院及寶雞油田職工醫院等，則實行了股份制改造，把企業醫院組建為獨立核算、自主經營、自負盈虧、自我約束和自我發展的獨立法人實體。這種模式企業控股，內部職工持股，部分引入社會資金入股，管理層持股，醫院實行股份合作制的管理模式，企業將逐步退出，職工處於控股地位。
儘管改革模式多樣，但實際上還有大量的國有企業醫院並未啟動改革，而是在現有的市場夾縫中掙扎。十八屆三中全會以後，衛計委關於實施企業醫院改制的相關調研已經展開。2013年末，衛計委體改司曾向地方下發過關於填報國有企業醫院信息調查表的函，要求各地方，開展國有企業所辦醫院相關情況調查，並填寫國有企業醫院調查表。調查表還特別註明，對於已經改革的醫院，需要填寫改革方式、資産評估、在職人員和離退休人員的安置等方面的信息，以及改革前後三年醫院的運營狀況。
中共十八屆三中全會決定和國務院關於健康服務業意見中，都明確提出了社會資本可以參與公立醫院改制，這一重大的政策明確很快引起了資本投資醫療産業的熱潮，但由於公立醫院改革尚在探索階段，社會資本參與企業醫院仍有較多問題需要明確。
有業內人士指出，目前社會資本辦醫完主要是新建醫院，面臨投資太大、週期過長以及醫療人才、醫療資質等資源難以取得的壓力，而參與公立醫院改制，便可以幫助社會資本辦醫有效地克服障礙。正是鋻於這一現狀，有專家認為，公立醫院改革應該使一部分由政府繼續主導、一部分由市場調節，形成社會力量和政府力量各自發揮優勢，取長補短的局面。這次企業醫院改之所以製備受關注，就是因為它為社會資本進入健康服務業提供了重要渠道。目前，鳳凰、華潤等國內較大的醫療集團都曾經參與企業醫院的改制，而鳳凰醫療集團在參與一系列醫院改制、託管之後已成功在香港上市。
按照既有的醫改信息，目前相關部門已形成比較清晰的思路，其中包括公立醫院的改制以及國有企業所辦醫院的改制兩大方向。國家衛計委體制改革司司長、國務院醫改辦專職副主任梁萬年表示，通過先行先試的摸索，在所在區域範圍之內結合當地群眾需求，社會經濟發展水平，以及具體情況來進行不同形式的探索，總結經驗。梁萬年同時也強調，要規範改製程序，切實保障國有資産和職工合法權益，要加強改制後的監管和引導工作，而不是“一賣了之”。
儘管相對於整體的公立醫院改革而言，國企醫院改革比較容易入手，但這並不意味著國企醫院的改革本身就沒有困難，就像多年來進行的大型國企改革一樣，其中的利益取捨將牽動各個方面。有專家認為，從醫療的社會職能來看，公立醫院的改革並不是純粹經濟改革，其公益性也要得到突出的體現。在國企醫院改革的政策起草上，同樣要注意避免與合作者的法律糾紛、避免模糊資産或産權歸屬、避免形成難度很大的管理壓力和經濟負擔，以及形成完善的頂層設計、有效管控機制和預案，避免市場格局的失控。
從改革的預期效果而言，國企醫院改革對這些醫療機構本身和企業職工都是好事，但國企醫院原本所承擔的責任是否應該解除，也是爭論的焦點之一，比如，煤炭總醫院有相關職業病鑒定和煤礦搶險救治的任務，首都機場醫院會負責首都機場公共衛生的應急處理工作。
北京大學法學院教授孫東東認為，國企辦醫院改制應當因地制宜，承擔企業和行業特殊任務的醫院需要繼續保留一些職能，規模小的醫院可以轉為社區衛生服務中心，擔負周邊群眾常見病、多發病的復診和健康管理，規模大的醫院可以採取與大醫院聯合辦醫的形式進行改革，讓大醫院帶動國企辦醫院的改制，特色鮮明的醫院也可以經過評估之後改製成為民營醫院，來繼續發揮自身特色。
4月9日，國家發改委、衛計委、人社部公佈放開非公立醫療機構醫療服務價格、鼓勵社會辦醫的一攬子政策措施——《關於非公立醫療機構醫療服務實行市場調節價有關問題的通知》。對非公立醫療機構醫療服務實行市場調節價，同時加強監督，研究制定價格行為規範。
通知要求，今年6月底前，縣級以上地方衛生計生行政部門應根據審批權限，向社會發佈轄區內公立醫療機構名錄，並依據公立醫療機構開業、更名、停業等變化情況及時進行調整，名錄之外所有醫療機構均為非公立醫療機構，其提供的所有醫療服務價格實行市場調節。
發改委要求，各地要督促落實這項政策，不得以任何方式對非公立醫療機構醫療服務價格進行不當干預。同時非公立醫療機構服務價格也不能違法違規，各地要研究制定價格行為規範，督促醫療機構建立健全內部價格管理制度。
通知要求，相關醫療機構應按照公平、合法和誠實信用的原則合理制定價格，並保持一定時期內價格水平相對穩定；要按規定執行明碼標價和醫藥費用明細清單制度，通過多種方式向患者公示醫療服務和藥品價格，自覺接受社會監督。一旦發生價格違法，將依法嚴肅處理。
發改委表示，鼓勵非公立醫療機構積極探索實行有利於控制費用、公開透明、方便操作的醫療服務收費方式。屬於營利性質的非公立醫療機構，可自行設立醫療服務價格項目；屬於非營利性質的非公立醫療機構，應按照《全國醫療服務價格項目規範》設立服務項目。
此外，通知還規定要建立醫療保險經辦機構與定點非公立醫療機構的談判機制。凡符合醫保定點相關規定的非公立醫療機構，應按程序將其納入職工基本醫保、城鎮居民醫保、新農合、工傷保險、生育保險等社保定點服務範圍，並執行與公立醫院相同的支付政策。
醫療保險經辦機構應按照醫保付費方式改革的要求，與定點非公立醫療機構通過談判確定具體付費方式和標準，提高基金使用效率。[詳細]
創新體制機制，建立有序的醫療服務體系。堅持公有制為主體、多種所有制並存、多元化辦醫的格局，按照“社會共有、專業管理、政府監管”的策略創新體制機制，形成不同屬性公立醫院分類改革的思路，改革計劃經濟時期“國有政辦”單一模式，探索“國有政辦”“國有公營”“國有民營”和“民有民辦”等多種實現形式。明確不同層級醫療機構的職能定位，建立聯合聯動、分工協作的運行機制和基層首診、分級診療、雙向轉診的就醫秩序，真正實現“小病在社區、大病在醫院、康復回社區”。
破除“以藥補醫”機制，建立可持續的補償機制。可持續的補償機制是公立醫院實現公益性目標的關鍵。當前，破除“以藥補醫”機制要與完善政府補助政策、理順醫療服務價格、提高醫務人員勞動價格有機統一、配套推進。政府是公立醫院的舉辦主體，更是公益性的責任主體。要合理界定政府舉辦公立醫院的適宜比例，每縣（區）至少辦好1—2所真正體現政府責任的公益性醫院。
改革支付方式，建立科學的醫療支付制度。公立醫院改革要與醫保體系有效銜接和協同發展。支付制度是公立醫院改革的關鍵環節，也是推動分級診療、影響醫院和個人行為的最重要因素。在實現醫保付費總額控制的同時，加快推進以按人頭、按病種付費等為主要內涵的支付方式改革，科學確定付費標準，建立醫保機構和醫療機構之間談判協商機制和風險分擔機制，加強醫保機構對醫療服務行為的監督和制約。
加強依法行政，建立規範的醫療監管體系。政府對公立醫院監管的目的，一是實現政策目標，確保公立醫院的可及性和公益性；二是強化管理機制，確保醫療服務中的質量、安全和績效。要加快醫療衛生和基本健康權益方面的立法，通過法律、行政、財政、稅收等手段加強監管。
完善法人治理機制，建立現代醫院管理體制。完善公立醫院法人治理機制，就是要科學界定政府和公立醫院在人事、資産、財務等方面的責權關係，建立決策、執行、監督相互分工、相互制衡的權力運行機制。應建立健全公立醫院理事會和監事會制度，探索實行理事會領導下的院長負責制，完善院長選拔任用制度，建立任期目標管理和問責機制；建立適應行業特點的薪酬制度，做到多勞多得、優績優酬、同工同酬，重點向臨床一線、關鍵崗位、業務骨幹和具有突出貢獻的人員傾斜；建立現代醫院質量管理模式，重點規範醫療行為，保證醫療安全和服務質量，完善用藥管理、處方審核制度，加大對異常、高額醫療費用的預警和分析。
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