國會説服了斯坦頓，叫他不要再對付托馬斯，同時以驚人的速度（三天多一點時間）趕寫出一項彈劾動議，羅列了總統一系列罪名。決心趁自己咽氣之前幹掉“這頭野獸”的撒迪厄斯·史蒂文斯認為這罪狀還不夠充實，在他建議之下，又補充了另外兩條罪名。

總統卻對此處之泰然。這位裁縫出身的總統照常衣冠楚楚主持白宮的宴會，甚至還邀請國會領導人來白宮參加一次招待會，免得他們以為自己嚇得腿發抖。去過白宮的人看不出約翰遜有焦慮的表情。私下裏，約翰遜咒罵他的敵人，還驕傲地宣稱：“我做得對，我要堅持。我決不讓美國政府淪為專制主義。”

彈劾總統的聽證會來到了，人們爭著要票來旁聽這一世紀奇觀。警察把成群的婦女和黑人攔在大門外面，不讓他們進來，他們就在外面抗議。1868年3月30日，聽證會首先由來自馬薩諸塞州的眾議員本·巴特勒發言。他領導過第一次的彈劾委員會，以擅長于法庭上裝腔作勢而聞名。他宣讀了一篇咬文嚼字的證詞，談了總統該受彈劾的罪行，接著又講了一通法律上的道理，説明為什麼不能讓約翰遜有權利來考驗新的法律是否違憲。這些文章讓聽眾聽得昏昏欲睡。最後，他才讓聽眾聽到了他們想要聽的東西。

巴特勒怒喊道：“靠了最兇殘的謀殺，他才得以登上總統職位，他是刺客選上去的，不是人民選上去的。”這就是那個老話，指責約翰遜是刺客布思的同謀。熱心於反對約翰遜的人一直千方百計要搜索實在的證據，月復一月，費盡心機，然而仍然是什麼東西也拿不出來。

政治情緒開始轉向。對約翰遜的責難顯得是拼湊出來的，國會的激進派顯得是走過了頭。隨後的幾位證人都沒有對巴特勒的開場白做什麼補充，只是發出了奇怪的語言，例如説什麼應該把約翰遜“放逐到南方天空的黑洞中去”。為總統辯護的人則以冷靜的邏輯説明總統完全有權利不同意國會多數人的意見。

1868年5月16日，參議院最後就彈劾動議進行表決，結果是35票贊成，19票反對，比定罪所需要的2/3的多數僅僅差了一票。就這樣，彈劾動議以一票之差失敗了，約翰遜得以名正言順地繼續擔任總統直至任期屆滿為止。大多數參議員都是遵照黨派的立場投票。所有的激進派都認為約翰遜“有罪”，所有的保守派和民主黨人都認為他“無罪”。有7名穩健派共和黨人私下裏得到了約翰遜將不會進一步阻撓國會的南方重建計劃的保證以後，認為沒有足夠的證據給他定罪，而不同意彈劾。一名激進的記者悲嘆道：“認為總統無罪的參議員恰好夠數，一個不多又一個不少，怎麼會這麼巧呢？”巴特勒也感到難以置信，曾對那7名投了“無罪”票的共和黨參議員做過調查。

約翰遜贏得了勝利。他立即讓陸軍部長斯坦頓辭職。這一次斯坦頓害怕有人來抓他，趕緊撤離了辦公室。約翰遜的勝利鞏固了總統的地位。

然而，就在約翰遜擊敗了彈劾動議以後，他自己的民主黨卻沒有提名他為總統候選人競選連任，這使他感到憤怒和傷心。他沒有認識到，從全國來看，國民的需要和意向已不同於那些把他推上政治舞臺的田納西州東部的白人工人階級選民。當他的任期結束、格蘭特就任新總統時，他記恨于格蘭特對他的背叛，竟不顧慣例，拒絕出席新總統的就職儀式。相反，他發表了一篇向“人民”告別的演説。《紐約先驅報》譏諷説這篇演説“更適合於田納西的某種政治集會”。

田納西州的民眾始終忠誠于約翰遜，最後還讓他重返政治舞臺。1875年，該州將約翰遜推選為美國參議員。當過總統之後再當參議員，他是僅此一人。他一返回參議院座席，就站起來反對參議院討論格蘭特總統的南方重建政策，説參議院無權這樣做。這時，他的老對手斯坦頓、史蒂文斯和薩姆納均已離開了人世。

約翰遜得到了最後發言的機會，對此感到慰藉。幾個月之後，他平靜地逝世了。

附錄安德魯·約翰遜總統1867年12月12日對合眾國參議院的講話（摘錄）

斯坦頓先生籠統地提到憲法“合眾國和法律”，説它們使他産生的公職責任感，迫使他拒絕承認總統有權讓他停職。關於憲法讓他産生的責任感，下面再説。關於“合眾國法律”讓他産生的責任感，他所指的肯定不是關於設立陸軍部的那項法律，因為那項法律授予總統不受限制的權利來撤換陸軍部的負責人。惟一與問題有關的另一項法律，就是國會1867年3月2日推翻總統的否決而通過的《任職法》，斯坦頓先生心甘情願地維護這項法律。

這項法律之中，並沒有一條規定説任職的官員非留在職位上不可。它只禁止撤職，但未禁止辭職。斯坦頓先生可以隨時辭職，主動辭職或按照要求或命令辭職均可，他完全有自由。就看他選擇或者喜歡哪一種。這裡沒有任何強制性的法律義務……

這並不是頭一次請斯坦頓先生考慮這項法律的條款。像其他法案一樣，它也曾提交總統審批。按照我一貫做法，我把它交給我的內閣徵求意見，看看我是否應該批准它。這是一個嚴肅的法律問題，所以我自然要依靠司法部長的意見以及曾經擔任過司法部長的斯坦頓先生的意見。

我的內閣的所有成員全都告訴我這一法案是違憲的。大家對於這一點均無懷疑和保留，而斯坦頓對這項法案的譴責最為詳盡和有力。他談到憲法的條款，談到國會的辯論……談到歷屆政府對憲法的運用，指出這一切都説明撤職的權利是憲法賦予總統的。他又談了他本人很有分量的見解，向我建議説，我有責任捍衛總統的權力使之不被篡奪，該否決此法案……他當時是本著憲法使他産生的公職責任感而發

表了他的意見……

在這一切之後，我真沒有想到斯坦頓先生在8月12日怎麼會採取另一種立場……我費了很大的勁試圖改變我自己的看法，但這樣的一種改變怎麼也辦不到……