由春至夏，國會一直推遲召開彈劾聽證會，因為仍需搜尋過硬的證據來反對約翰遜。來自俄亥俄州的眾議員詹姆斯·阿什利一再保證他能辦到這一點。反對約翰遜的這些人處心積慮要指控約翰遜有罪，竟然落到如此地步，找到一個已定罪的作偽證者，説只要他出來作證，就答應赦免他。可是這個傢伙不傻，他知道從哪最容易得到赦免。他徑直跑到白宮，和盤托出了那樁骯髒故事。約翰遜將之公布於眾，打贏了這一回合。

此時，約翰遜了解到斯坦頓在新奧爾良暴亂之前扣壓電報，很快又發現這位陸軍部長還扣壓了另外一些重要消息。斯坦頓不同意約翰遜的政策，早已不是秘密。如今又證明了他在積極操縱一些人從政治上搞垮總統的活動，是內閣中的叛徒。約翰遜理所當然地開始考慮怎樣把他清除掉。

約翰遜趁有人收買作偽證者的新聞炒得正熱的時機，開始行動。1867年8月5日，他正式要求陸軍部長斯坦頓辭職。斯坦頓傲然拒絕。總統讓他先懸了幾天，然後讓他停職，請格蘭特將軍暫時代理陸軍部長之職。這些做法至少從字面上講是符合那個新的《任職法》的。格蘭特于國會休會期接替了期坦頓的職務。

事態和輿論看來變得有利於約翰遜了。阿什利遲至11月末才提出了人們期待已久的彈劾報告，但它讓人們感到幾乎像是一個癡迷于陰謀故事的人的胡言亂語。雖然他斷言他確信死於任職期間的總統，包括林肯在內，都是被他們的繼任者毒害而死，但他又承認，他沒有找到能讓大多數人信服的具體證據。《哈潑斯週刊》嘲笑説：“我們不禁想到阿什利先生是興奮得過了頭。”彈劾的動議失敗了。

可是這勝利並不實在，也為期不長。1868年1月13日，眾議院命令格蘭特將陸軍部長一職交還給斯坦頓，格蘭特欣然照辦了。約翰遜氣得破口大罵，恨透了格蘭特。

這總統已被逼得無路可走，只有跟他的敵人對著幹。他不再顧及那個《任職法》，而是直截了當，任命陸軍副官長洛倫佐·托馬斯為新的陸軍部長。他想倒過來逼使國會上法庭跟他打官司，因為他確信《任職法》是違憲的。即使法庭裁定它並不違憲，他也是被逼得無奈而跟他的敵人鬥，顧不上後果如何了。他畢竟是合法就任的合眾國總統，該讓內閣和國會都明白這一點了。

托馬斯將軍奉總統之命到陸軍部，向斯坦頓遞交了將其解職的公函。斯坦頓坐在沙發上咬牙切齒地説：“你是要我馬上離開，還是允許我再呆些時候清清我的東西？”托馬斯寬大為懷，同意過些時候再來。

這時斯坦頓在格蘭特的幫助下，決心堅守陸軍部，不許任何人再闖進來。消息傳開了，一些參議員和眾議員也急忙趕來支援斯坦頓。另一些人發來了聲援信。最令人難忘的是查爾斯·薩姆納的簡短電報：“守住。”

國會得知約翰遜這一最新的“違法行為”後，群情激憤，反約翰遜情緒達到歇斯底里程度。史蒂文斯咆哮説：“我不是早就説過嗎，如果你們不打死這頭野獸，它就會咬死你們。”他們認為這一次是把約翰遜逮著了，因為在他們看來，約翰遜顯然是違反了法律。他們並不想讓最高法院做裁決，彈劾的呼聲又響遍了華盛頓。

那天晚上，托馬斯參加一個舞會，揚言他將在第二天早上接管陸軍部。可是第二天早上他還沒有起床，斯坦頓就派警察來逮捕他。他報告了總統，總統激動地説：“很好，我正是希望他們鬧到上法院。”他叫托馬斯服從傳票，到司法部長那裏交了5000美元保釋金。

托馬斯這一折騰浪費了好幾個小時。等到他再來到陸軍部時，斯坦頓早已擺好架勢，命令他走開。托馬斯不走，雙方僵持了一會兒。這時托馬斯説：“下次你再要逮捕我，別讓我空著肚子走。”斯坦頓摟著他的脖子，吩咐拿威士忌來。於是兩人坐下來飲酒，靜觀局勢下一步如何演變。