“對，還有你，海軍部長韋爾斯先生，我要告訴你們，你們的權力都是人民給的。”約翰遜大概還想沒完沒了地講下去，但哈姆林用胳膊肘子捅他，才讓他打住了。

除了在場的目擊者以外，別的人也都從報紙上讀到副總統出洋相的情形。《紐約世界報》嘲笑約翰遜説：“連卡利古拉的馬也比他懂事一些。”

事後，約翰遜羞愧難當，逃離首都，到一個朋友的農莊躲了兩個星期。許多人以為他是藏起來繼續酗酒，其實不然。只有林肯為他辯護：“我了解安迪已有多年。他那天是偶爾失態，但大家不必擔心。安迪不是酒鬼。”事實上，那次就職典禮上，約翰遜是頭一次露醉態，也是最後的一次。不幸的是，這僅有的一次酒後失控的時機可謂糟糕得沒法更糟了。當他最後悄悄返回華盛頓時，總統有意避而不見。

當林肯1864年開始競選連任時，他提名約翰遜做他的搭檔，應該説是高明的一招。內戰時，來自南方的參議員們都紛紛站到南方邦聯一邊，主張脫離聯邦，這時只有約翰遜這一位來自南方的參議員堅決反對分裂合眾國，疾言厲色譴責那些人威脅聯邦的行徑，他的言論經常上了報紙頭版，他也就成為北方人心目中的英雄和政治明星。此後，約翰遜作為田納西州軍事長官，親自指揮了該州首府納什維爾的英勇保衛戰，擊退了叛軍，嚴懲了俘獲的邦聯分子。

有幾個人向林肯表示過反對意見。脾氣暴躁的眾議院領導人撒迪厄斯·史蒂文斯對林肯説：“難道你就找不出一個副總統候選人，為什麼偏要從那些該死的造反省分挑出這麼一個人？”但黨內多數領導人贊成挑選約翰遜，當然只是作為配角，而不是作為當家人。約翰遜在就職典禮上的出洋相，讓他們也懷疑自己是不是犯了一個嚴重錯誤。

僅僅六個星期之後，到了1865年4月14日，林肯總統在福特劇院被約翰·威爾克斯·布思刺殺。這時，人們對於副總統的嘀嘀咕咕一下子爆發成一片驚慌。約翰遜一向不愛看戲，認為那是“無聊”，所以出事的那天晚上正在旅館睡覺。跟他住在一起的前威斯康星州長倫納爾·法韋爾在劇場目擊了那一慘劇，跑回來叫醒了約翰遜，讓副總統驚悉了這一消息。

當人們獲悉國務卿西沃德也被捅了一刀的消息時，就更加驚慌了。保安當局立即派來衛隊保護副總統，因為當時不清楚陰謀的暗殺對象有多廣。他們還不知道布思的一名同謀犯喬治·阿澤羅德特那天上午已經住進約翰遜所在的旅館房間的樓上一間房內，打算晚上對約翰遜下毒手。晚上，他還找旅館侍者細細盤問過副總統的動靜，可是到了他們約定的下手時間，即晚上10點15分，正像他的律師後來所説的那樣，“阿澤羅德特喝得酒醉如泥了”。

正當約翰遜剛剛驚醒過來想知道發生了什麼事情的時候，他的私人秘書布朗寧告訴他在門口信箱裏發現過一個字條：不想打攪了。你在家嗎？

據旅館侍者説，布思是那天下午來，打聽副總統及其秘書在不在，然後留下了這一字條。布朗寧曾錯誤地以為布思這字條是留給他的，因為他在納什維爾時就見過布思這名演員，如今才知道此人是刺客。這字條藏有惡毒用心，讓人以為布思與約翰遜是相識的，但它也進一步證明了副總統是差一點兒被人下毒手。這時奄奄一息的林肯已被人抬到劇院對面的彼得森大廈，約翰遜趕緊去那裏看望了垂死的總統。約翰遜小心謹慎，沒在那裏停留太久，也絲毫沒有顯出幸災樂禍的樣子。

翌日上午7時22分，林肯去世了。內閣立即通知了約翰遜。幾小時後，約翰遜在他下榻的旅館于肅穆氣氛中宣誓繼任總統。他的講話非常簡短又非常謙遜，説“剛剛發生的悲慘事件令我深感震驚而幾乎難以自持”。他接著説：“如此重大的責任出人意外地壓到我身上，使我感到力不勝任。”他的話缺乏令人鼓舞的力量，但這位新的首席行政長官表示決心竭盡全力承擔總統職責，這也讓觀察家們稍感欣慰。