約翰遜很得體地囑咐林肯夫人用充裕的時間遷出白宮。當天中午，他把林肯的內閣成員們召集到財政部開會。這批人各有各的神通，既有共和黨人又有民主黨人，只是因為都堅持對南方邦聯的戰爭而聚在了一起。在林肯手下，他們就常鬧意見。如今，曾經醉態之下訓斥過他們的人成了新的總統，要來管他們了。國務卿西沃德倒是與約翰遜政見相投，但他正在療傷。約翰遜最難對付的，就是為人傲慢而又言詞尖刻的陸軍部長埃德溫·斯坦頓，他甚至罵過他很敬重的林肯，把林肯叫做“原始的大猩猩”，還説過林肯是“該死的笨蛋”。

約翰遜表示他一定要繼續奉行已故總統的政策，請內閣成員們全部留任原職，指定一名臨時代理國務卿。那個下午就有一些麻煩事要處理。要抓捕兇手。許多人埋怨斯坦頓不該不派人到劇院保護林肯，這時斯坦頓要求約翰遜讓他負責此案的調查。約翰遜馬上同意了。很快，斯坦頓就抓獲了全部案犯，僅一人漏網。布思因拒捕而被擊斃。按照斯坦頓的建議，約翰遜下令將案犯交付軍事法庭嚴加審訊。總的看來，頭一天的事還算順利。

刺殺危機處理了，約翰遜著手日常政務。他任命了弗吉尼亞州的臨時州長，宣佈了對原邦聯人員的大赦。但他只字未提一個棘手問題，即已獲解放的奴隸是否該授以選舉權。內閣成員在這一問題上意見分裂成兩派，無法統一。約翰遜聽取了雙方的意見，未徵求國會的意見，就自己拿主意，決定此事交各州自行處置。

約翰遜並不是偉人。他沒能擺脫自己青少年時期受到的種族主義影響，又認為南方走上邪路只能責怪少數貴族式的莊園主。他體會不到南北之間怨恨之深，無法鑄就一個新時代。正如林肯所説，約翰遜是一個好心人，但有局限。他生性固執，一心只想儘快讓南方得到恢復，而聽不進批評意見。

在初步行使行政權以後，約翰遜膽子大起來了。他迅速對南方各州發號施令，大手大腳動用他的赦免權。報紙不斷報道成群的幹過壞事的原邦聯分子涌向白宮爭取得到赦免。據報道，有一個名聲不大好但很會做生意的寡婦為這些人充當經紀人，得到了約翰遜的合作。還有人説約翰遜對南方人寬大無邊，甚至打算赦免當時在押的原南方邦聯總統傑斐遜·戴維斯。

日復一日，約翰遜戰時的英雄氣概和反對國家分裂的勇氣漸漸消失。原南方邦聯分子曾視他為敵人，如今卻視他為救星。而他的北方朋友們前兩年迅速把他抬舉上來，如今則同樣迅速地對他疏遠而去。

國會當時正處於暑期休會期。國會議員中的激進派一向主張嚴懲南方叛逆分子，這時見到約翰遜的舉措，感到驚恐不安。早就對林肯提名約翰遜為副總統候選人感到不滿的史蒂文斯這時向參議員查爾斯·薩姆納抱怨説：“難道就沒有辦法阻止華盛頓的那位總統的胡作非為嗎？”他斷言約翰遜會在國會復會之前“加冕稱王”。薩姆納到白宮要求賦予已解放的奴隸以全部公民權。但約翰遜拒絕做任何讓步，堅持説選舉權問題向來是由各個州自行處置。更糟的是，這位總統還誤以為薩姆納的帽子是痰盂。激進派議員們感到約翰遜是不可理喻的了。國會秋季復會後，反約翰遜的一派爭取讓國會通過他們自己提出的南方重建計劃，想以此挫敗約翰遜的計劃。

約翰遜決不願意把處理南方重建問題的權力拱手讓給國會。他先是否決了國會通過的要擴大已解放奴隸事務管理局的權限的法案，接著又否決了國會通過的要賦予南方黑人公民權的法案。在第一次，他的否決站住了，但在第二次較量中，兩黨絕大多數議員聯合起來，推翻了總統的否決。只有四名共和黨議員站在他一邊。約翰遜慘敗了。

這時，以斯坦頓為首的幾名內閣成員開始公開表示不同意總統的主張。斯坦頓不執行總統的指示，試圖另搞他自己的一套南方重建計劃。他跟他在國會中的盟友秘密討論如何遏制總統的權力。他的背叛行為還不止於此。1866年7月，在討論路易斯安那州賦予黑人以公民權的新奧爾良代表大會的前夕，有一封緊急電報警告説當地復仇心切的邦聯分子有暴亂的危險，斯坦頓竟然把這封電報扣留下來，不讓總統知道。結果，約翰遜沒有採取任何防範措施，暴亂造成40人死亡，140多人受傷。更糟的是，約翰遜還表示過懷疑新奧爾良代表大會的代表們的合法性，曾指示路易斯安那州司法部長阻止一切非法集會，這就在無意之中給暴亂分子打了氣，人們指責約翰遜應對這一慘案負責。