農地徵用與流轉中較為突出的矛盾，在於土地補償糾紛。按理説，合法徵用與流轉農村集體用地和農民承包地，就要合法給予村集體和農民補償，並且補償到位，這並不是一件難事。為什麼偏偏在補償上問題重重呢？

　　我們對農地補償的歷史並不長。計劃經濟時期徵用農地要麼劃撥要麼協商，很少涉及補償。上世紀80年代末90年代初，隨著房地産業在沿海部分地區興起，以及工業化、城市化的快速推進，尤其是一些地方提出所謂“經營城市”、“經營土地”的口號之後，首先是城市近郊土地受到擠佔和徵用，並逐漸波及幾乎所有地區。但飛漲的地價與補償無關，許多地方仍然沿襲計劃經濟時期的思維，認為農民的地可以廉價“拿”走。有的地方就認為，不都是國家的地嘛，補點損失就行了。

　　這種廉價拿地之風蔓延，農地糾紛自然延綿不息。直至十年前，有關部門直接發出了提高補償的聲音，廉價補償才緩慢改變。但在提高補償達成共識之後，新的問題隨之出現。比如，如何補償，是“一錘子”買賣還是兼顧農民長遠生計？經營土地的鉅額溢價農民能不能享受？土地出讓金要不要反哺一部分用於農村基礎設施條件改善？等等，仍無定論。“十一五”期間，中央明確提出土地出讓金15%用於農村土地開發和農村基礎設施建設，2010年全國土地出讓金收入達到2.9萬多億元，不過真正落實“15%”要求依然很難。

　　對農地補償曾經有過相關具體規定：每畝地按當地3年來平均畝産值的6倍補償，同時對青苗、房屋等地面附著物給予相應補償。這種低補償規定是特定條件下的産物，也成為一些地方儘量“少予多取”的藉口。其後這一標準雖不再執行，但新的可操作的制度規定沒有形成。直到今天，在農地徵用與流轉中，農民得到補償的多少、受益的大小，仍然取決於徵地者的實力、談判的實力和忍耐的實力等，補償標準隨行就市。隨行就市當然有其合理性，但因為缺乏嚴格具體的硬性標準，容易導致“誰是強者誰説了算”，吃虧的仍然是農民。

　　農地徵用與流轉頻繁發生，一方面是因為城鎮化、工業化的推進和規模農業、集約農業的發展，一方面也因為一些地方簡單地、片面地理解城鎮化和規模化，認為城鎮化就是先擴張城鎮，把農民的地拿過來，把農村戶口變為城鎮戶口。然而，城鎮的基礎條件不具備，農民立足的條件不具備，社會保障落實不到位，這樣的城鎮化不僅不能彌補失地的損失，反而增加了農民新的負擔。 從實踐來看，各地在補償農民利益上採取了一些積極措施，有的把一次性補償與長遠生計相結合，有的把農民土地收益通過股份形式固定下來，等等，形式很多，總體上正朝著讓農民利益得到更好保障的目標發展。只有公平合理的補償，才能直接保障農民利益，維持農民農業的可持續發展，維護社會和諧穩定。