在韓國和日本之間存在著一個領土爭端問題，即韓國稱之為獨島 (Tokto)、日本稱為竹島 (Take-shima) 的一個小島。該島位於韓國鬱陵島以東約70公里處，由東、西兩個小島和周圍32個小礁組成，面積為0.18平方公里。朝鮮、韓國、日本都宣佈對該島擁有主權。目前韓國實際控制該島。

    按韓國提供的資料，在朝鮮半島歷史上，早在新羅王朝(公元500年)就有獨島的記錄。 朝鮮王朝成宗皇帝時(公元1471年至1481年)，獨島叫做芋山島，屬於鬱島郡管轄。韓國認為獨島是鬱陵島的附屬島嶼， 早在公元6世紀初就是韓國的領土，19世紀之前日本的有關史料中也有明確的記載。

    而日本方面的記載也説，在寬文皇帝7年(公元1667年)，日本漁民發現了這兩個島嶼，編入了日本島根縣。日本政府自1905年入侵朝鮮半島以後，即宣告對獨島(竹島)擁有自主權，將過去的“松島” 改稱為“竹島”，在行政上隸屬於島根縣隱岐島管轄。1945年日本戰敗投降後，聯合國最高司令官總司令部明確規定把獨島移送給駐韓美軍政府管轄。1948年8月15日隨著大韓民國政府的建立，獨島與其他領土一同自動地歸於大韓民國政府，並由大韓民國政府行使主權。

    1952年1月，韓國發表海洋主權宣言，獨島劃入韓國領海，日本曾對此提出抗議。此後，日、韓兩國都採取了一些措施，表明各自對該島擁有主權。

    1953年5月，日本趁朝鮮戰爭仍在酣戰之際，曾派兵一度佔領了該島，並在島上建立了領土標誌碑。 同年7月12日，在23歲的洪淳七的領導下，韓國義勇守備隊開赴獨島，將日本軍人趕走。至此，獨島完全在韓國的實際控制之下。1954年，韓國正式將獨島劃歸慶尚北道鬱陵郡管轄。1956年李承晚政府派出海上警察守備隊，洪淳七結束了神聖的“守土護國大業”。 為此，韓國政府向洪淳七頒發了勳章，以表彰他獨自守衛獨島長達3年8個月之久的愛國行為。自1957年開始韓國在獨島修建永久性建築物。1981年底，韓國海軍在島上修建了守島工事。

    1965年6月，日、韓兩國實現邦交正常化。當時，日本政府曾就該島問題提出與韓國進行對話。韓國認為“獨島自古以來就是韓國的領土，這個問題不能作為兩國紛爭進行對話”。日本自1954年以來，每年都向韓國政府遞交外交抗議文件，指出竹島是日本固有領土，韓國必須立即撤出該島。而韓國政府則一再聲明，獨島是韓國領土。雙方各執一詞，針鋒相對，誰也不想在領土問題上讓步。日本方面多次建議將該島爭議提交海牙國際法庭裁決，但韓國外交通商部認為“獨島問題已不是外交糾紛問題，而是主權問題”，以主權問題不容談判為理由予以斷然拒絕。

    2005年3月，日本島根縣議會通過了將每年2月22日定為“竹島日”的條例。

    日本政府從2005年起在《防衛白皮書》中一直主張獨島主權，韓方對此深感遺憾。

    近年來，圍繞該島周邊海洋專屬經濟區劃分和海底資源勘探開發等問題，韓日之爭逐步升級，並在2006年一度發展為海上對峙。獨島問題成為兩國關係發展的重要障礙。

    2008年7月14日，日本文部科學省宣佈，在將於2012年度開始實施的中學社會課的新《學習指導要領解説書》中首次寫入有關竹島是日本領土的內容。韓國當天對日本此舉提出強烈抗議。韓國總統李明博對此事表示“失望和遺憾”，並指示有關部門以堅決和嚴肅的態度應對此事。29日，韓國總理韓升洙乘坐直升機登上獨島視察，並表示韓國有決心捍衛獨島主權。30日，韓國在該國東部海域的獨島周邊地區舉行大規模海空聯合演習。

    2012年8月，韓國總統李明博訪問獨島宣示韓國對該島擁有主權，成為首位登上獨島的韓國國家元首。日本政府對此舉表示強烈抗議，韓日關係急劇降溫。19日，韓國在獨島設立獨島守護標誌石，以示韓國對這一島嶼擁有主權。標誌石高115厘米，寬、厚各30厘米，正反面分別刻有韓國總統李明博親筆寫的“獨島”和“大韓民國”字樣，此外還刻有李明博簽名。21日，日本正式提議韓國將竹島問題共同提交國際法院。日本曾于1954年和1962年就竹島主權問題向國際法院提起訴訟，但是韓國方面拒絕回應日方訴訟，並拒絕接受國際法院仲裁。