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自從2004年年底從蘭州大學調到南開大學，李衛東發表的論文寥寥無幾。在此期間，他的十幾名學生因為論文沒有發表，而拿不到博士學位。這為他招來了質疑。
李衛東告訴中國青年報記者，很多人表示不理解，“有成果為什麼拖著不發表”？包括他的學生在內，陸續有人督促他發表論文。而他認為，自己的研究是一系列的，時機不成熟時，自己不會投稿。這是自己作為學者的權利，“不需要其他人來指手畫腳”。“寧坐板凳十年冷，不寫文章半句空”。
“做學問的人就不能淡定一點嗎？”他説，目前各高校攀比論文數量，論文發表期刊的“影響因子”越高越好。學校設有鼓勵辦法，教師每發表一篇論文，就按照影響因子乘以一定的系數，以此計算和發放獎金。與之相應的是，作為科研的主力，博士生不發表一定數量的論文就不能獲得學位。
“這些土政策非常醜陋，把我們看成叫花子一樣。”他説，我“寧可去要飯”，也不會去拿這樣的獎金。
“你要是鑽進你的課題裏，你就會很有樂趣。”李衛東説，做學問是一件令人高興的事情，自己老老實實做學問，做得很有意思。與自己相比，學生們的壓力更大。他們通過了博士論文答辯，也得到了論文評審專家的認可，卻沒人關注他們真正的水平，而是依據發表論文與否來決定是否授予學位。
“對的和錯的，其實大家都很明白。”他説，導師遇到這樣的情況，只有兩條路，一條是像自己這樣堅持，另一條是順從規則。但如果所有的教師都能堅持，教師就不會被學校綁架，學校也不會被指揮棒綁架。
“我問心無愧。”李衛東對記者説，“需要改變的不是我，而是這個制度本身。”
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