青海省委書記強衛指出：“玉樹災後重建條件之苦、困難之多、情況之複雜世所罕見”。玉樹的災後重建是迄今以來人類在高海拔的生命禁區開展的最大規模災後重建。玉樹地處青藏高原，境內平均海拔4100米以上，空氣含氧量不足海平面的40%，全年只有冷暖之別，無四季之分，冷季長達7-8個月，暖季4-5個月，無絕對無霜期。晝夜溫差大，年平均氣溫-0.8℃，境內大雪、早霜、低溫、乾旱、冰雹等自然災害頻繁，是全國生存環境最惡劣的地區之一，被稱為“人類生命的禁區”和“地球第三極”。相比之下，舟曲和汶川的平均海拔在1000米左右，汶川的年平均氣溫在19℃以上。時值5月，即將立夏，內地已是鳥語花香，而玉樹還在期待遲到的春天。由於海拔和氣候條件的差異，舟曲和汶川可以常年累月施工，而玉樹只能在5月至10月中旬施工，黃金有效施工期只有5個月。

　　玉樹的災後重建是在制約條件最為突出的地區開展的大規模災後重建。玉樹結古鎮的規劃面積為12平方公里，最大高差272米，坡度大於5%的用地達到56%以上，設計施工難度大。結古鎮臨近地震震中，鎮區兩側泥石流、山體滑坡等地質災害隱患多，用地條件極為複雜。災後重建中，我們要在鎮區12 平方公里的有限規劃區內安置10萬以上的人口，而北川在4.8 平方公里的規劃區內安置人口為5.8萬人，舟曲在4平方公里的規劃區內安置人口僅為3萬人。

　　玉樹的災後重建是在生態保護最為重要的地區開展的大規模災後重建，是國內第一個在國家級自然保護區內實施的災後重建。玉樹處於三江源國家級自然保護區內，既是歐亞大陸上大江大河發源最多的區域，也是全國乃至亞洲生態系統最脆弱、最原始的地區，還是國內大部分地區乃至亞洲的“生命之源”。一方面玉樹要作出最大的犧牲維護中華民族的生態安全，另一方面還要安置災民、改善民生，災後重建的工作難度非常大。

　　玉樹的災後重建是在基礎設施保障條件最為脆弱的地區實施的大規模災後重建。玉樹是迄今為止未延伸國家大電網的一個地區。截至2011年底，玉樹全州共有11個大小水電站，加上災後重建期間建成的應急燃油發電廠，總發電裝機容量為2.1萬千瓦，年用電負荷總需求為9萬千瓦，電力供需缺口很大。目前，結古地區僅有一個禪古發電廠，應急燃油發電廠無力保障遠轉，連結古地區機關企事業單位和居民的用電需求都無法保證。災後重建的大批項目集中在結古鎮區，重建量大，任務重，但由於電力無法保障供應，省內外各援建單位只能自備柴油發電機進行施工。電力供應緊張的矛盾嚴重制約著災後恢復重建項目的順利實施，並直接增加了項目成本。與此同時，玉樹距離省會西寧公路運距800公里，本地建築企業少，基礎薄弱，重建所需的鋼筋、水泥、玻璃、木材等建材大部分通過外部運輸解決，一方面導致了建材價格的上漲，另一方面加大了玉樹重建的資金壓力。這也是玉樹不同於國內其他受災地區遇到的重建困難。