自1998年糧改以來，一直存在中央儲備與地方儲備雙軌運行的做法。中儲糧公司所管理中央儲備糧食的所有權和支配權在國務院，屬於國家資源，中儲糧公司只是代儲、代管和代收，這是自糧改後國務院明確規定的。

　　中儲糧公司是國家最低價收購政策的執行方，同時也是監管方，這也就不難理解各方對中儲糧“政企難分”身份的非議。如何在國家政策實施過程中即扮演好“運動員”角色，又能成為合格的“教練”？“需要相關部委的監管與審計，才能確保國家有關糧食最低價收購政策和糧食安全問題的落實”，國務院發展研究中心研究員程國強如是説。

　　程國強指出，國務院實行中央儲備糧垂直管理體制運行積累了一定的經驗，對新形勢下保障我國糧食安全、保持市場和價格基本穩定、促進經濟社會又好又快發展具有重要的啟示和借鑒意義。

　　中儲糧是國資委監管的中央企業之一，實行嚴格的業績考核，另外一方面又要承擔確保國家糧食安全、確保農民利益、確保糧庫有糧的政治任務。如何兼顧與平衡？這是擺在中儲糧面前最大的難題。

　　2007年，發改委、國家糧食局、財政部等部委下文要求中儲糧公司對最低價收購小麥預案實施負總責，意味著中儲糧公司要對全國糧食收購行為進行總體把關與監督，相對於自已也是企業的中儲糧公司來講，一無行政權力、二無約束手段，要監管好同為企業的地方收儲庫點，無疑是難上加難。

　　一直以來，國家針對中央儲備糧食的貼補標準低於地方儲備。相對於各地政府實施省長、市長的“糧袋子”負責制，每年省、市糧食直屬庫由省、市財政直接撥款，除去國家補貼外，省、市政府還會單獨拿出部分補貼，使得“地方隊”佔據“優勢”。

　　針對中央糧食與地方糧庫的糧食輪換補貼政策，代表中央儲備糧的“國家隊”明顯競爭不過“地方隊”。在糧食收購季節，很多産地就會出現比較集中“搶糧”現象，誰手中握有的糧食多，誰就會在市場與財政補貼方面佔有主動權。

　　中國農科院農業資源與農業區域研究所尹昌斌認為：“國家實施統一宏觀調控，加速建立中央儲糧與地方儲備糧食體系互為補充的格局，共同為維護糧食市場穩定發揮作用，將會是下一步糧食改革的方向。”

　　程國強則認為，要健全國家糧食儲備體系，優化糧食庫存結構。加快建立靈活高效的中央儲備糧吞吐輪換機制，有效銜接安全儲糧、儲備輪換與調節市場。提高統籌利用國際國內兩個市場、兩種資源的能力，建立基於全球視野的國家糧食安全保障機制。深入實施農業“走出去”戰略，鼓勵各類企業在境外投資農産品加工、倉儲物流、國際貿易，構建持續、穩定、安全的農産品進口渠道，建立全球農産品進口供應鏈。

　　“而對於國有糧食企業來説，最大的難題恐怕還是作為自主經營、自負盈虧的市場經濟主體與承擔國家政策性任務之間的矛盾。”國務院國資委研究中心新産業研究部部長李怡群總結到。

　　李怡群指出：“一肩擔著國有資産保值增值的重擔，另一肩還要扛起國家宏觀調控的職責。這種集雙重屬性于一身的特點，不僅給企業的經營決策出了道難題，也為監管部門的考核提出了挑戰。儘管在實踐中監管部門的考核已對此有所考慮，但並未從根本上解決企業追求利潤與承擔公共職能相衝突的問題，而這則有可能成為導致這些國有糧食巨頭間無序競爭的潛在因素。”