自2012年起，仁慧書院將與農村地區、貧困地區的中小學展開院校合作的新模式，多渠道、立體化、全方位地支援農村及貧困地區的教育文化事業。

　　自2009年正式成立以來，仁慧書院就一直關心農村地區和邊遠貧困地區的教育，對農村和貧困地區的學生給予了很多實實在在的幫扶和資助，像贈送圖書教材、減免學費甚至食宿費、義務輔導、免費心理援助等方面的工作。但在2012年之前，這些工作有的是以書院領導和教職工的個人名義，有的是在書院的教學工作中附帶進行，不能達到更廣泛的實效。

　　而現在的院校合作新模式，是在當地教育機關的支持下，與農村地區、貧困地區的中小學直接合作。仁慧書院的核心人物張慧倫在創立之初就明確了我們的理念和發展觀──我們致力於打造高端精英教育服務品牌，普及和傳播中國傳統文化和觀念，普及和傳播現代科學思維和理念，以赤子之心為中華民族的偉大復興貢獻一份綿薄之力。所以在院校合作的時候，我們主要做兩方面的工作：一是對現在的青少年學生進行傳統文化教育和愛國主義教育，幫助其樹立正確的價值觀；二是為現在的青少年學生的在校教學上提供更好的師資和教材，以提高他們的成績和素質，使其更有機會進入清華大學、北京大學等高校繼續深造。

　　目前主要的形式有：

　　（一）仁慧書院向農村、貧困地區中小學校贈予圖書、教材等，內容以傳統文化、愛國教育、科普教育為主。如《文史中國叢書》、《清華歷史講堂》、《頂你上清華》、《語文新課標參考書目》、《國學小書院叢書》、《數學科學文化理念傳播叢書》等等；

　　（二）安排清華、北大、復旦、中科大等名校的教授博士等到校講座、講課；安排名校優秀學子、往屆狀元等到校舉辦“與榜樣交流”活動等；

　　（三）寒暑假期間組織農村、貧困的確學生到北京參加夏令營，進行愛國主義教育，接受名校文化氛圍熏陶；

　　（四）為農村、貧困的確學生提供免費的心理諮詢和心智指導；

　　（五）為幫助和培養更多的農村、貧困地區學生進入清華大學、北京大學等國內一流高校就讀，促進教育公平尤其是優質教育資源的公平共享。仁慧書院作為國內首個高端精英教育品牌，以其高端先進的教育理念和強大的教學實力，與農村、貧困地區的中學共同合作，選拔其中有潛力的優秀苗子，組成實驗班。由仁慧書院三教部和中學教務處共同設計教學計劃（量身打造）、共同備課、授課，以培養更多的農村、貧困的確學生進入清華北大。