2003，建隊上海閘北

　　2003年初，上海閘北區精文足球學校一批年輕學員面臨畢業，最後在其上級主管單位、閘北區體育局的&&下，組建一支俱樂部隊參加當年的全國足球乙級聯賽──由閘北區國資企業上海金貿資産管理公司出資、精文足球學校組隊、閘北體育場提供場地共同組建上海金貿足球俱樂部。

　　然而就在2003年乙級聯賽開賽前有了新變化，出資方接到上級通知不得不從俱樂部控股位置退出。隨後上海衡源企業發展有限公司接盤，成立了上海衡源控股，上海金貿、閘北體育局、閘北體育場為股東的新俱樂部──上海衡源足球俱樂部。出任俱樂部董事長一職的是上海衡源老闆徐國良，原衡源下屬企業上海歐樂體育總經理魏榮斌出任俱樂部總經理一職，主教練是趙凱，助理教練史光倫。由於俱樂部成立時間短和實力等原因，當年的乙級聯賽中沒能從華東區出線。

　　2005，李曉帶隊衝甲

　　2004年初，在閘北區體育局的引薦下，上海衡源將俱樂部整體遷移至南昌，重新組建為南昌八一衡源足球俱樂部，聘請李曉作為主教練。那一年，南昌衡源獲得南區第三，在與北京宏登的淘汰賽中因凈勝球少而出局。

　　2005年，球隊為了衝甲引進了一些有實力球員，如願衝甲的同時，還在最後的決賽中戰勝了北京宏登捧得中乙冠軍。李曉也因此獲得了當年中乙最佳教練。也在這一年，上海金貿和閘北體育場放棄了俱樂部的股權。

　　2006年中甲聯賽，南昌衡源聘請周穗安為主教練，而李曉則改任總經理。可周穗安只執教了半個賽季，繼任的朱波在迎來一個五連敗後也離開了，最後李曉重新執教，球隊最終列第11名，艱難保級。同年歲末，八一體育場放棄俱樂部股權。2007賽季，南昌衡源低開高走，最終獲得了中甲第五名；2008賽季，南昌衡源終於公開喊出衝超的口號，可最後卻只差了1分(就可衝超)。雖然有創歷史的聯賽第3作為安慰，但是因為與中超只差一分，所以在很多球迷看來這個第3名與第12名(第13名降級)沒什麼兩樣。因為衝超未果，主教練李曉選擇了離開。

　　2009，朱炯帶隊衝超

　　2009年賽季，南昌衡源聘請前申花助教朱炯為主教練，雙方簽訂了一個長達八年的合同，最終主場完成了衝超大業。2010年是南昌征戰中超的第一年，全隊平均年齡不到23歲的南昌衡源在這一年可謂一波三折，從賽季開始的三連敗，被譽為史上最弱升班馬；到後來的4輪不敗連續的戰勝多支強隊的驚艷表現並位居積分榜第6位讓眾多的媒體驚呼史上最弱升班馬蛻變成賽季最大黑馬，但從下半程開始又慢慢淪落到降級區，並一度墊底，但最終成功保級。在2010聯賽下半程開始的時候，南昌八一衡源足球俱樂部正式更名為南昌衡源足球俱樂部。