儘管市場各方對種子基金持高度認同態度，但在具體的實施層面仍有諸多需要探討的地方。

　　1 認購門檻是否過高

　　首先的爭議點就是1000萬元的最低種子認購門檻、20%比例以及基金經理是否參與。一位上海新基金公司的總經理表示，1000萬元的種子認購門檻是否可以適當降低？“新公司運營壓力大，股東的支持也有限，全部是資本金認購的話壓力較大。”此外，對於20%的比例，他也認為偏高，如果募集2億元，種子基金就要認購4000萬元，壓力較大。

　　對此，深圳一家基金公司高管也持相同疑慮，“種子基金只是規定了基金公司自有資金、員工認購以及基金公司股東出資金額不低於1000萬元，認購基金比例不低於基金資産規模的20%，但是並沒有規定種子基金的募集上限，如果在發行種子基金的時候，募集金額超過了5000萬元，是否還算種子基金”？

　　2 20%出資比例如何分配

　　同時，20%的比例在股東、員工之間如何分配也是大家關心的問題。一位上海“老十家”基金公司總經理認為，具體比例應該是內部解決，預計大部分是股東註冊資本金認購，不會讓基金經理負擔過重。“基金經理投資過多自己管理的基金，對基金業績沒有好處。基金經理出資太多，與其説是利益綁定，不如説束縛和影響了基金經理正常的投資決策，國外的基金公司也不鼓勵基金經理購買自己的基金。”

　　3 利益衝突利益輸送難界定

　　關於種子基金和普通公募基金的利益衝突，徵求意見稿也作出規定：“基金管理公司採用種子基金形式發行新基金的，應當在基金運作過程中嚴格履行公平交易原則，充分防範利益衝突。”不過，公募基金人士則認為，防範利益衝突是關鍵，但是也面臨業績好被疑利益輸送、業績不好被人詬病的結局。此外，深圳基金公司相關人士還表示，與公募基金相比，種子基金經理也面臨業績考核的問題，與該公司其他公募基金經理相比，是採取絕對業績考核還是相對業績考核的方法，在激勵上又該採取何種措施，這些都是種子基金面臨的問題。

　　4 三年鎖定期是否太長

　　種子基金鎖定3年，也是爭議較大的一個點。上述新公司總經理認為，縮短至一到兩年更合適。專業人士介紹，海外種子基金如果運行不好，就會隨時被關閉掉，但根據種子基金實施方案徵求意見稿，種子基金要運行3年後，如業績不好或規模未獲得持續增長，才會被關閉。

　　5 退出機制不易把握

　　同時，種子基金的退出機制也被指不具操作性，徵求意見稿中稱，“基金公司採用種子基金形式發行新基金的，應當在基金合同中約定，種子基金持有期限屆滿時，若基金規模未能獲得持續增長，或基金業績虧損時，基金合同應當自動終止”。一些基金人士認為，用“規模未能獲得持續增長，業績虧損”的描述較含糊，實際操作中不太容易把握。