中共十七大報告提出醫改方向要實現四個分開，即“政事分開、管辦分開、醫藥分開、營利性和非營利性分開”。其中醫藥分開被看作切斷以藥養醫的重要切入點。如今，一些城市嘗試在醫療機構內部將行醫和賣藥分開。北京啟動醫藥分開試點，上海、深圳等地也將試行。

　　中投顧問醫藥行業研究員郭凡禮指出，雖然目前北京等城市提出醫藥分開，卻不能完全杜絕醫生、醫院與藥品利益挂鉤問題。從體制的角度來看，這是由醫院體制改革和醫療衛生體制改革沒有共同推進所導致的。從利益鏈的角度來考慮，單單是藥房與醫院分離，觸動不了醫生與藥商之間的利益，隱形收入仍存在。

　　郭凡禮指出，但要從源頭杜絕醫生與藥品利益，仍需推動公立醫院與民營醫院體制走向市場化、商業化。而在此過程中，有效杜絕醫生收取過高的費用可以從三個渠道加強。首先加強醫藥專業人才素質培養。其次建立廉潔、高效的責任班子，第三定期或不定期查處公立及民營醫藥灰色收入，並處於罰款、沒收、通報批評等處罰。

　　目前政府對醫院投入有限，讓醫院徹底放棄藥品利益並不是沒有可能，這主要取決於三因素：首先是民營資本、外國資本、VC、PE參與醫療改革參與程度與構成比例。其次要看公立醫院與民營醫院體制改革轉向，是朝著非營利性還是盈利性方向發展。第三要看醫藥分離政策實施情況及監管措施落實程度。在政策作用及民營資本等引入過程中，相關的政策補貼及醫務人員工作績效能否有效銜接，這也體現了醫院改革進程能否得到根本性的改變。

　　郭凡禮表示，商務部願意介入醫改，目的為將目前邊緣化的藥房納入體系，但這又存在另一個問題，那就是衛生部與商務部的利益之爭。從衛生部的角度來看，對醫院及藥品進行監管之間存在利益鏈條，其中涉及醫生額外收入、藥品加成等費用。如果一旦將這一塊交由商務部管，這會導致其與衛生部職能、利益等産生衝突。

　　郭凡禮同時表示，目前推進醫藥分開的難點在於五方面：首先是如何有效平衡醫院、藥商、醫生這三者的利益。其次如何取得地方政府的信任並支持醫藥分離政策。第三如何有效提高醫務人員素質，提升服務水平並加強工作績效。第四如何提高藥品質量、健全監督體制以及提高藥事服務能力。第五如何引入資金參與醫藥分業政策改革。