我國載人航天發射大多在秋冬季節實施，即將執行我國首次載人交會對接任務的神舟九號飛船則選擇夏季發射。有關專家表示，這次發射將面臨雷電、溫度等天氣條件的考驗。

　　酒泉衛星發射中心氣象室主任李興東説，在可能干擾載人航天發射的雷電、大風、降水和電場強度等幾大氣象條件中，雷電影響最大。1981年到2011年間30年的氣象資料表明，發射場地區在秋冬季基本沒有雷電，夏季雷電發生頻率則約為每個月2.6次。對於這個看上去並不驚人的數字，李興東解釋説，這種極端小概率天氣雖然發生頻率不高，但可能造成災難性後果，是國際上公認的難以實現精確預報的領域。

　　李興東表示，在現代觀探測技術和數值預報技術的輔助下，近30名預報員正在全力以赴對神九發射窗口天氣情況做出準確預報，為發射提供參考依據。

　　李興東表示，除此之外，氣溫也是航天發射不可忽視的因素。火箭推進劑在溫度過高時可能汽化，溫度過低則可能凝固，甚至導致部分元器件失靈。

　　火箭系統有關專家介紹道，神九火箭加注前，儲存推進劑的庫房將進行降溫，有效降低注入火箭內燃料的初始溫度。加注完成後，火箭在燃料體積巨大、箭體被塔架包圍的狀態下，溫度不容易驟升。即使出現溫度大幅上升的緊急情況，還可以採取置換方式降低推進劑的整體溫度。

　　1997年6月，長征三號火箭發射風雲二號氣象衛星前夕，西昌衛星發射中心溫度上升，工作人員採取各種措施為火箭降溫，甚至敷上冰塊；2002年12月30日神舟四號飛船發射前，酒泉衛星發射中心氣溫一度降到零下29攝氏度，棉被也被用於給火箭保暖。

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