交通一體化在深莞惠三市的合作中一直佔據重要位置。16日下午簽訂的有關交通運輸一體化補充協議，讓三地市民看到三市地理和心理距離再次被拉近的前景。根據該協議，深莞惠三市將深化邊界路網對接並加快跨市公交的發展。

　　根據協議，深圳和東莞之間的對接項目有2項，包括深圳丹平快速路二期—東莞東深公路和加快深圳外環高速公路立項核準。深圳丹平快速路二期接東莞東深公路，項目起于深圳平湖街道鵝公嶺立交，終點接東莞東深公路，全長約2公里，按城市快速路標準建設，主線雙向六車道，設計速度80公里/小時，輔道雙向四車道，設計速度40公里/小時。深圳外環高速公路是納入深莞惠三市交通合作協議的重點項目之一。項目深圳段正開展勘察設計初測外業驗收審查工作，項目東莞段已完成施工圖設計。

　　東莞和惠州之間的對接項目有2項，包括拆除、重建龍溪東江大橋(龍橋大橋)和加快深莞惠三市城際軌道交通規劃、建設的工作。其中，為推動廣受關注的三市城際軌道交通規劃，將由深圳市&&成立深莞惠三市軌道交通規劃協調工作組，深莞兩市將儘快研究確定深圳6號、11號線和東莞R1、R3號線的具體接駁方案、建設主體、投資主體和建設模式等，以及軌道16號線穿東莞鳳崗段的建設主體、投資主體和建設模式等。啟動深莞惠城際軌道交通項目規劃設計、建設投資方式研究等工作;適時啟動深圳與惠州兩市軌道交通規劃銜接研究工作。

　　加快跨市公交發展方面，深莞惠三市自2012年6月起，將分別對本市跨市公交車輛發放燃油補貼(2012年6月以前由各市根據情況自行決定)。惠州大亞灣西區與深圳坪山新區對接的西南大道-蘭竹東路和石化大道-錦繡東路已于2011年7月建成通車，龍海二路-丹梓東路也將於今年年底實現對接。根據兩地群眾的實際出行需求，深惠兩市2012年6月前共同開展開通上述三條路的跨市公交化運營班線的前期調研工作，爭取2012年底開通。