隨著信息産業的迅猛發展，帶動了醫療機構信息化水平的提升，與此同時，醫療信息技術及醫療器械的相關專業人才也受到用人單位的廣泛青睞。北京北大方正軟體技術學院衛生係主要培養從事醫療設備管理、維護、維修、質量控制、選購及醫院信息化管理的高素質人才。

　　衛生係設有醫用電子儀器與維護、醫用影像設備與維護、衛生信息技術三大專業，其中，醫用電子儀器與維護專業是學院的重點專業之一，並連續兩年得到了北京市教委專項資金支持。另外，為了提升學生的實踐能力，衛生係建有醫用心電儀器實訓室、醫用檢驗儀器實訓室、醫用超聲儀器實訓室、醫用傳感器實訓室、數字影像設備實訓室、醫院信息系統實訓室。

　　目前全國開設醫用電子儀器與維護專業的院校為數甚少，北京北大方正軟體技術學院是僅有的幾所開設該專業的院校之一。學院採用2+1訂單式人才培養，即入校前兩年在校學習，最後一年定崗實習，與用人單位簽訂實習協議，畢業後直接就業。此外，該專業學生在畢業時還可取得由中國醫學和裝備協會、勞動部聯合頒發的《醫學設備管理師》證書。

　　在學生實踐及就業方面，衛生係與北京大學第一醫院、北京大學第三醫院、北京大學國際醫院、北京大學腫瘤醫院、北京大學健康體育中心、阜外醫院、安貞醫院、京煤集團總醫院、中醫研究院西苑醫院、中國人民解放軍海軍總醫院、中國人民解放軍總後藥檢所、GE中國醫療集團、IBA(中國)醫療器械技術服務有限公司、北京中科美倫科技有限公司、北京誼安醫療系統有限責任公司等醫療機構及企業建立了校外實訓基地，並聘請相關合作單位的一線高級工程師擔任專業建設和實訓教學相關工作。另外，該係已與北京中科美倫科技有限公司簽訂了訂單培養協議，為學生拓寬了就業渠道。

　　市場和教學的雙重保障，這使得衛生係畢業生受到社會及用人單位的廣泛青睞，衛生係現有在校生317人，近兩年就業率均達到100%，專業對口率98%，根據對畢業生進行的調查回訪，學生畢業後的職業穩定率達到90%以上。