據經濟之聲報道，國家稅務總局《關於部分行業試行農産品增值稅進項稅額核定扣除管理辦法》徵求意見稿後出臺之後，業內預計，農産品增值稅改革近期將會在部分試點行業正式啟動。這項舉措有望減輕農産品加工企業的增值稅負擔，解決農産品加工企業“抵扣”難題。

　　目前來説，農産品加工企業在農産品進項稅額抵扣上普遍存在的兩個問題，一是進項不能抵扣，二是進項較少，不足以抵扣，或者説“高徵抵扣”的問題。國家稅務總局科研所張培森研究員以油料加工企業為例，説明出現這種情況的原因主要就在於農産品加工企業交易的對象往往是廣大分散的農民，想開出很規範的增值稅發票非常困難：

　　張培森：因為現在許多農業加工的初級産品，和要提供深加工的初級産品，都是處於一種開票不規範，或者不能開票，基本上處於這麼一種狀況，你比如説從一些個體收購，個體收購的話就是進項無票抵扣。

　　根據之前公佈的《農産品增值稅進項稅額核定扣除管理辦法》，稅收徵管部門調整了增值稅抵扣的思路，改變當前農産品加工和流通企業憑農産品收購發票計算抵扣進項稅額的做法，實行農産品進項稅額核定扣除。也即將農産品進項稅額與現有抵扣憑證脫鉤，改成按納稅人每月實際耗用的農産品數量來確定當期可抵扣的進項稅額，並將在液體乳及乳製品製造、食用植物油加工行業中率先試點。張培森認為，這一舉措將有效解決農産品相關企業“無票抵扣”的困難。

　　張培森：不管你收進收了多少，要加工多少，你的耗用量是多大，那麼它肯定能夠抵扣了，它主要就是解決這方面的問題。

　　目前，我國農産品初加工企業主要原材料多按13%的抵扣率進行進項增值稅抵扣，銷售時則按17%的稅率徵收銷項稅額。相比于工業企業，農産品企業多承擔了4個百分點的增值稅稅負。新的管理辦法將統一農産品加工企業的進項稅抵扣率和銷項稅徵收率，中國社科院農村發展研究所李國祥研究員表示，雖然每年農産品加工增值稅的數量不是很大，但是這項改革稅收公平的意義更明顯。

　　李國祥：總體上稅負還不是很重，主要的還是對農産品加工企業不公平，國家稅收因這項措施而産生的損失我個人覺得不會太大。

　　雖然表面上看，農産品加工的增值稅由加工企業承擔，但農産品增值稅作為間接稅稅種，最終的稅負還是要從消費者的口袋裏掏。因此，國務院發展研究中心農村經濟部副部長徐小青認為，統一增值稅的扣徵，短期來看可能不明顯，但是長期來説對於降低CPI還是有一定的作用：

　　徐小青：支持和扶持農産品加工業，從稅收上給一些優惠的話我想對於穩定農産品價格，降低加工成本，這是一個有力的舉措，一個措施。