作為國醫大師，晁恩祥支邊22年，深入內蒙古最北部的達翰爾族和鄂倫春族的聚居區，走鄉串戶開診治療，降低了該地區克山病的發病率和致殘率。在非典防控中，他是中醫第一位參加會診病例的專家，榮獲“抗擊‘非典’特殊貢獻獎”。此外，他研製的“蘇黃止咳膠囊”獲得中華中醫藥學會科學技術獎一等獎、“甲型H1N1流感防控及集成創新性研究”課題獲得國家科技進步一等獎。如今，雖81歲高齡，他仍堅持出診，每天接診40多人次。