北京時間4月10日淩晨，歐冠四分之一決賽進行了最後兩場比賽的爭奪，在拜仁和曼聯的對決中，拜仁雖然在下半場因為埃弗拉的進球而一度陷入不利局面，但是在關鍵時刻，拜仁鋒霸曼朱基奇挺身而出，在拜仁失球後僅僅1分鐘，他接到裏貝裏左路傳中，甩開防守隊員後用近距離的頭球衝頂敲開了曼聯的大門，終於將拜仁從懸崖邊拉了回來。最終拜仁主場3-1逆轉曼聯，總比分4-2晉級歐冠8強，可以説曼朱基奇的破門給了拜仁極大的信心，是成功的關鍵因素。

　　在同曼聯的首回合較量中，曼朱基奇沒有首發，而拜仁卻一直採用高球傳中的戰術成為了當時拜仁沒能客場取勝的主要原因，而曼朱基奇若不是後來替補登場，拜仁甚至有可能帶著0-1的失利回到主場。他用一個頭球擺渡助攻施魏因斯泰格打入了扳平的進球，這使得拜仁獲得了寶貴的客場進球。

　　本場比賽，曼朱基奇一改首回合的替補身份，重新回到拜仁首發名單。但比賽的前58分鐘卻和雙方首回合的情況如出一轍，整個上半場拜仁雖然掌握著比賽卻始終無法獲得進球，甚至連高效的進攻配合都十分少，曼朱基奇也可以説毫無表現。或許全隊都希望能以0-0，客場進球優勢的方式輕輕鬆鬆進入四強。然而曼聯卻始終在為那個進球拼搏，終於在第58分鐘，埃弗拉用一腳石破驚天的射門將總比分改寫為2-1，如果這個比分被保持到終場，曼聯就將淘汰拜仁。這個進球想一記重拳打通了拜仁的任督二脈，回過神來的拜仁終於露出了自己的尖刀，裏貝裏左路犀利的突破終於重見天日，他在底線附近橫傳門前，曼朱基奇包抄到位，頭球衝頂得手，這一進球不僅讓曼聯的球迷僅僅開心了1分鐘不到的時間，同時也拉開了拜仁進攻復蘇的序幕。

　　自從拜仁在柏林奪冠後，拜仁連續三場沒有獲勝，曼朱基奇也未能在聯賽和歐冠中有所斬獲，這也是拜仁攻擊線效力下降，狀態下滑的一個縮影。好在面對壓力，大心臟的拜仁眾將士終於找回了狀態，在曼朱基奇破門扳平後，信心極大提升的拜仁由穆勒和羅本先後破門，最終取得了這場來之不易的逆轉。而曼朱基奇也成為在同曼聯的對決中唯一一個連續兩場比賽都創造進球的拜仁球員，可以説他就是曼聯本賽季在歐冠的夢魘。

　　下賽季，曼朱基奇就將面臨來自萊萬多夫斯基的巨大挑戰，二人將為拜仁鋒線一哥的頭銜展開激烈爭奪。不過僅從歐冠四分之一決賽的表現來看，萊萬多夫斯基顯然不如曼朱基奇的表現出色，雖然雙方的對手實力以及自身實力都有差距，但是同樣在球隊最困難的時候，曼朱基奇起到的關鍵作用卻顯然強于萊萬。而對於瓜迪奧拉而言手下擁有如此驍將，無疑是自己之幸，同時也是球隊之幸，相信即便萊萬到來，拜仁也不會放棄曼朱基奇。