祁連縣位於青海省東北部，海北藏族自治州西北部，東與門源、大通縣接壤，南與海晏、剛察縣相連，西與天峻縣為鄰，北及西北與甘肅省酒泉、肅南、民樂、山丹為界。“祁連”是古匈奴語，意為“天山”，是青海北部的天然屏障，古為羌地，是通西域之要道，絲綢之路南線經於此，北出扁都口與甘肅省接壤，古有“青海北大門”之稱。縣域東西長180公里，南北寬186公里，總面積1.58萬平方公里。祁連縣是一個多民族聚居地，主要有藏、蒙、回、撒拉、土、漢族，全縣4萬人，少數民族佔76%。

　　 祁連縣以地處祁連山麓而得名。地處祁連山中部的群山峻嶺和山間盆地之中，山地佔全縣總面積的79.2%。走廊南山橫臥于縣境西北部，托勒山縱貫縣境中部，托勒南山、大通山綿延于縣境南部。四條山脈呈北西、東南走向排列，形成“四峽四盆”的地貌骨架。走廊南山與托勒山間形成黑河、八寶河斷陷盆地，黑河、八寶河流貫其中。縣境地勢高聳，最高海拔5287米，最低海拔2180米。高山、丘陵、盆地、河谷錯綜分佈，地形複雜，地貌類型多樣，適宜農、林、牧業生産。

　　 縣境處青藏高原東北部，屬高原大陸性氣候，其主要特點是：日照時間長、太陽輻射強；氣溫日差較大、年差較小，結凍期長，無絕對無霜期，平均氣溫在0.7℃，最高氣溫12.9℃（7月），最低氣溫-13.7℃(元月份)，平均氣溫在5℃以上的有5個月（5——9月），在10℃以上的有3個月（6——8月），年蒸發量1500——1800毫米，相對濕度27——53%，主風向東南，平均風速2米/秒。

　　 縣境內高山冰川遍佈，是各水系主要補給來源，祁連山水系共有冰川面積1334.7平方公里，境內河流落差大，水利資源豐富，全縣理論蘊藏水能量13.23萬千瓦，主要河流有八寶河、黑河、托勒河、大通河、扁都溝河等，境內有天然草場總面積1764.11萬畝，佔全縣土地總面積的80%；可利用草場1500萬畝，林業面積231萬畝，佔全縣土地總面積的10.43%；野生動植物豐富，野生動物有20余種4萬餘只，有著名的野牦牛、野驢、盤羊、羚羊、白唇鹿、雪豹、馬熊、黑頂鶴、天鵝、雕等。植物資源已查明的有325種，分屬57科、91屬，著名的有大黃、雪蓮、冬蟲夏草、蘑菇、發菜、青海雲杉、圓柏、高山柳、沙棘、忍冬等；礦産資源已查明的有鐵、鉻、銅、鋅、金等黑色、有色、稀有、重金屬、水金屬及可燃性礦産40余種，200余處，主要開發的有石棉、煤、鉻、沙金、銅、鉛鋅等。