小金剛乘坐的飛機在沙漠上空意外墜機，小金剛的能量被抽光了，機器人安保官托洛普給了小金剛新的能量匣。在小金剛的幫助下，他發現了地底下的河川拯救了這裡的動物。小金剛找回了記憶原來他就是被派到這裡調查事實的真相的。小金剛子在沙漠的深處發現了太空水晶，在這裡他又一次發現了復活的亞特拉斯。原來都是太空水晶城堡裏人類所需要水的緣故，因此森林才會變成荒漠，亞特拉斯想改造小金剛成為他的弟弟，兩人一起征服世界，卻被小金剛嚴詞拒絕。小金剛再一次戰勝了亞特拉斯，拯救了世界。