為了觀看在宇宙閃耀的美麗彩虹彗星，小金剛所在的三年三班的天文社的所有同學，坐火箭到彩虹彗星上參觀。在預定軌道上，突然火箭被巨大的力量拖走。火箭被吸入到一個巨大的水晶裏，小金剛被神秘力量吸引見到了這裡的主人--亞特拉斯。他告訴自己將要征服地球的決心，並將四部垣變成了小矮人。並以此為要挾，如果小金剛不合作的話就將小金剛的同學都變成小矮人。為了自己的同學，小金剛同意了他的要求。火箭返回了固定航線，卻是向金星飛去。小金剛終於明白亞特拉斯並沒有放過自己的同學，小金剛衝出水晶，打敗了追來的亞特拉斯拯救了自己的同學。