順治八年，天花這一傳染病普遍爆發。天花在清朝初期是一種極為可怕的傳染病，當時的人們幾乎是談之色變。為了不引起朝野的恐慌，清朝正史中有意隱去了順治死於天花的事實，這也在情理之中。但是順治死於天花仍有疑點存在，天花病症與史料記載之間的矛盾不可回避，關於順治患病和駕崩時間記載的出入也無法找到合理的解釋。2004年，鄭成功後裔家中驚現神秘手抄本《延平王起義實錄》，一段關於順治被鄭成功炮斃于廈門的文字引發了歷史學界對順治死因的再度關注。