南海一號的考古發掘開始了，卻遇到了意想不到的困難，水下能見度級低，海面氣候多變，海地洋流涌動，這些都非常不利於考古發掘的進行。幾年後，一個前所未有的計劃橫空出世，這就是整體打撈。2007年12月31日，南海一號在700家媒體的見證下被整體打撈出水，進入水晶宮。其後的保護工作正是目前的工作重點，而它的考古價值是無法用經濟價值衡量的，他是海上絲綢之路和海外貿易的見證。