2099年，人類開闢新的直達宇宙邊緣的太空航道，將地球上所有危險的污染源物體運送到B-25小行星，從而使地球擺脫了被污染毀滅的厄運，人們歡欣鼓舞，開始了下一個百年的建設計劃。可人類卻沒有想到，垃圾污染産生了極端危險的魔獸——煞星與它的部下們正準備著復仇，繼而侵佔地球。

2099年，地球上一架巨型運輸飛船滿載著工業垃圾穿過大氣層向M78行星飛去，在進入B-25小行星航道時，和煞星派出的魔獸飛船相遇了，魔獸飛船向巨型運輸飛船發起突然攻擊，飛船爆炸、無數碎片像隕石流星雨一樣灑向地球。龍炎、亞奇、吉修和美柯是少年科技中學超生物興趣研究小組的成員，他們家庭背景不同，性格也不同，由這4個人組成的小組總是爭吵不休而不能按時完成研究任務，眼看著小組就要被學校解散了。

暑假期間，龍炎的興趣小組在亞古力原始叢林裏執行最後一次研究任務的時候，突然天空中無數火球像流星雨一樣灑向叢林，龍炎他們只好先躲進一個山洞裏，就在山洞裏他們發現了先知留下的4部晶碼機，在了解晶碼機部分功能時，他們分別召喚出各自的晶碼獸並相互認識，這時，他們突然遇到了由於煞星軍團帶來的太空輻射所變異的花臉蝙蝠獸，在他們驚恐萬分時，他們的4個寶貝級晶碼獸一起出擊，打敗了蝙蝠獸，晶碼機指引著他們走到了叢林密室，在那裏他們懵懂地了解到了自己的使命，那些帶有預言的壁畫顯示，他們是被選召來找到巨大的能量源——4塊水晶，進而拯救地球，而煞星也在尋找這4塊水晶，這場戰爭的勝敗就在於他們是否能得到這4塊水晶。4個少年一致決定接受選召，共同肩負起拯救地球的使命。

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