黑磁石回到了暗黑大帝的手中，暗黑大帝是否會因此力量增強？而智之星也在此時隕落。謎亞星失蹤了，萌學園裏也頻繁出現神秘人士，他又會是誰呢？他的出現是否會讓萌學園再次陷入危機呢？因為萌小姐選拔賽，女生用盡各種方法來拉選票，女生之間的矛盾越演越激，她們是否能化解矛盾重修舊好呢？暗黑檔案Ｘ意外被哈利波波發現，流入同學的手中又會發生什麼事呢？

肯豆基長老不僅活著，還再次回到了萌學園，他的動機是好是壞？魔法預言書預言下一任的智之星即將出現，而下一任的智之星又會是誰……

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