不過一個多月的時間，重修舊好的金牌師徒孫楊和朱志根教練再度反目，而且相較之前雙方口頭衝突，此次則直接升級到“武力”。

　　4月15日下午，朱志根與某贊助商工作人員在訓練場發生矛盾，孫楊因替後者出頭而與朱志根發生摩擦。從表面看，這次衝突的導火索是因為贊助商的工作人員，但實際上，事態惡化的導火索乃是因為備戰全運會。朱志根從今年初開始多帶了另一個教練的一組隊員，而孫楊因此受到了冷落，雙方就此事多次溝通，但一直無法達成共識。其實，朱志根多帶隊員，壓力肯定不小，精力也會分散。但另一方面，在全運會上獲得成績的可能性也大大增加，而成績背後自然與利益相伴，這些恐怕都是令孫楊與朱志根關係出現裂痕的因素。

　　孫楊不滿核心位置被奪

　　今年年初朱志根接手了另一組隊員，共有10余人，而他本組隊員已有20余人。如此多的人員讓他無法像以往那樣以孫楊為中心，甚至冷落了跟隨了他十多年的徒弟。從中心到邊緣的落差感讓孫楊很不適應，認為教練冷落他的核心原因就是多帶的那組人。之後他多次找到朱志根，希望教練能如之前般重視他。而朱志根則覺得，自己是孫楊的教練，也是浙江隊的教練，今年是全運年，讓浙江隊在全運會上金牌和成績錦上添花是首要任務。

　　2月1日，兩人口頭衝突後鬧出“分手”大戲，雖然在多方調解下，孫楊和朱志根重修舊好，但孫楊的被重視程度並沒有得到改善。一名浙江隊的教練告訴記者，剛回去的幾天，朱志根甚至沒有搭理孫楊，之後雖有指導，但每次訓練都和孫楊講不了兩句話。孫楊再次感受到了冷落，再次找朱志根溝通：能不能不帶另一組？朱志根的回答是：帶到四月份的全運會資格賽結束。

　　在全運會資格賽期間，兩人交流並不多。孫楊全程都是與隊醫、贊助商工作人員共同進出，而朱志根則與浙江游泳隊一起行動。記者還了解到一個細節：有一天比賽，朱志根甚至沒有帶孫楊做準備活動，而是帶了另一組的兩名小隊員，這讓孫楊心裏很不舒服。

　　賽後回到杭州，朱志根繼續帶領兩組隊員，而孫楊再次找到朱志根溝通，內容還是希望教練把重心放在他和同組的其他重點隊員身上，但朱志根依舊堅持自己的想法。

　　“孫楊留守與矛盾無關”

　　衝突發生後，浙江宣傳部下達了《關於孫楊與教練的衝突不予報道》的指令，並安排省體育局和體院的領導對二人進行調解。據知情人透露，此過程中，孫楊再次表達了訓練中被“忽略”的感受，希望教練不要再帶那麼多隊員。但朱志根表示還是得繼續帶兩個組。雙方再次未能達成共識。之後的第五天，衝突事件被曝出。

　　20日，朱志根帶領大部分隊員按計劃前往昆明，進行為期四週的高原訓練，而孫楊則被留守杭州。浙江體院副院長張亞東表示，由於孫楊最近感冒併發燒，不適宜進行高原訓練，經浙江省游泳隊慎重研究，決定將孫楊留在學院進行訓練。為此，朱志根還專門制訂了針對孫楊的專項訓練計劃，指定由助理教練于誠帶訓，並隨時與他溝通。另外，學院還專門為孫楊配備了隊醫，確保保障措施到位。

　　儘管官方給出了孫楊缺席高原訓練的原因，但實際情況是否屬實？

　　答案是否定的。孫楊缺席高原訓練的真正原因就是雙方對於“是把孫楊重新放在中心位置上還是朱志根仍舊帶兩組隊員”的問題，始終不能達成共識，兩人都不肯妥協，領導方面又無法協調，最終孫楊只能留守杭州。

　　觀察：合作基礎被打破

　　在這場無法達成共識的持久戰中，浙江體育局和浙江體院選擇了支持朱志根，其原因不言而喻：全運會利益。

　　一位專業人士表示，假設朱志根在同時帶兩個組的情況下依舊以孫楊為中心，矛盾也就不會發生。

　　“為了浙江在全運會上多拿成績，抓小隊員無可厚非，但為何要冷落孫楊？這兩者本是不矛盾的，為何就成了無法平衡的矛盾呢？各個省市都面臨著全運任務，雖説在中國有世錦賽為全運會讓路的傳統，但其他教練為什麼就能平衡。葉詩文同樣是浙江隊隊員，但她的教練為何沒有因為全運會而冷落她？”該專業人士質疑道。他還説，既然兩人因無法達成共識，僵持不下，為什麼不給孫楊換教練？其實在年初的第一次衝突後，浙江方面就有考慮，但朱志根不願意。

　　浙江隊的一名教練告訴記者，在這次衝突發生後，隊內開了教練員會議，朱志根明確表示：“孫楊我還是要帶，不會放棄。”面對朱志根堅定的表態，浙江方面只好放棄了讓兩人“分手”的念頭，但朱志根卻依舊沒有如以前般將孫楊擺在核心位置。