1月30日，孫楊親口證實已有女朋友，是一個比他大5歲的空姐，但是據媒體報道孫楊和該空姐的戀情並沒有得到家人和教練的認同。2月1日，在多日不正常訓練後孫楊在游泳館出現，教練朱志根批評他因為搞對象影響訓練，但孫楊史無前例頂撞教練，“你的訓練太落後了，我不跟你練了”。朱指導怒上心頭，“我本來就不想帶你，從今天起不帶你了”。當有記者電話採訪朱志根時，他也明確承認孫楊是説了希望換換教練。師徒倆的關係開始惡化。

　　2月2日，對於與恩師發生的矛盾，孫楊否認與恩師鬧掰，他回應説：“根本沒這回事，我也不太想去看這些報道，有些事越描越黑。”而江省體育技術學院副院長張亞東表示，自己目前尚未得到有關孫楊提出換教練的報告，但他稱教練員和運動員之間的摩擦實屬正常現象，沒有必要小題大做：“我們是不會考慮去換教練的。”

　　朱志根方面則是向學院打報告，表示自己身體不好，為健康考慮不想再帶孫楊了。雖然在體育局相關領導介入調解後，他對此事不再回應。

　　2月3日，孫楊隊友爆料稱其已經回到游泳隊，不過朱志根並沒有帶他，朱志根的其他弟子也沒有和孫楊一起跑圈，孫楊獨自一個人在跑步機上跑步。2月4日再爆出因為受到孫楊提出換教練的打擊，朱志根高血壓的老毛病這兩天又犯了，甲狀腺結節的舊疾也復發。

　　2月4日，浙江體育職業技術學院領導對孫楊的問題做出了初步處理：第一：孫楊做出深刻的檢查，視檢查的結果做出進一步處理意見；第二：對孫楊提出通報批評，扣發一個月的訓練津貼；第三：暫停孫楊的一切社會商業活動，包括個人代言。

　　當天孫楊事後首次現身，他拿著A4紙打印的檢查，前來與與會領導見面，但並未接受任何媒體的採訪，也沒有對事情表態。據現場媒體介紹，院方表示孫楊完全接受學院對於他的處罰決定，並在當天上午前去找過教練朱志根進行道歉和解，可惜沒有找到人。 就孫楊尋找朱志根道歉一事，記者也聯絡朱志根本人詢問，不過後者怒氣沖衝：“我根本不知道這件事！有什麼事找領導説去！”説罷便將電話挂斷。

　　3月4日，當天下午，在浙江體育職業技術學院游泳館門口，在媒體的見證下，孫楊主動給了恩師一個深情的擁抱，隨後便在朱志根的帶領下開始了訓練，這也讓持續近一個月的師徒風波有了一個皆大歡喜的結局。張亞東還透露，在2日晚間的聚餐上，孫楊和朱志根都流下了熱淚，“畢竟十年師徒情分在，很多事情給點時間慢慢就會解決的。”

　　4月20日媒體爆料稱本週一(4月15日)下午，孫楊與朱志根師徒兩人在訓練中發生衝突，教練朱志根不但動手打了孫楊，而且據説孫楊的手臂都還被打傷。據悉，浙江省體育局的有關領導仍在設法為二人調解，但兩人能否再一次“冰釋前嫌”尚不得而知。