早在原始社會，巴彥淖爾市境內陰山以北地區就有人類居住，使用的石器多為刮削器，過著以狩獵為主的生活。夏商西周至春秋，鬼方、獫狁等民族遊牧於此。戰國時，趙國雲中郡管轄達到陰山南，林胡、樓煩等民族遊牧于陰山北。秦時，秦九原郡範圍達到陰山南，匈奴民族活動在陰山以北地區。西漢武帝元朔二年（公元前127年）設五原、朔方二郡。朔方郡領縣十（朔方、廣牧、沃野、臨河、臨戎、三封、窳渾、呼遒、渠搜、大城、修都），其中臨河縣、沃野縣在今臨河區境內，臨戎、三封、窳渾縣在今磴口縣境內。漢武帝下詔募民屯邊，始有一定規模的從事耕種的農業。

    元始二年（公元2年）朔方郡有戶34338戶，人口136628人。五原郡領縣十六（九原、臨戎、河陰、曼柏、武都、南輿、固陽、西安陽、河目、宜梁、成宜、廣牧），其中河目、西安陽、宜梁、成宜等縣在今烏拉特前旗境內；廣牧縣在今五原縣境內。東漢初匈奴南單於分部眾屯此，東漢末年朔方郡、五原郡廢。東漢末至十六國，南匈奴等民族遊牧於此。北魏，懷朔、沃野二鎮在境內有建制。唐，初屬豐州轄境，後為中、西受降城境域。

    宋、遼、金、夏，巴彥淖爾地區東境迭次屬遼、金國，西境為西夏國屬地。元，陰山南屬大同路雲內州，陰山北屬德寧路，統歸中書省直轄。今磴口縣則屬甘肅行省寧夏路。明初分屬山西東勝衛和陜西寧夏衛轄境，未幾，皆入于北元。清，後套地區屬伊克昭盟（今鄂爾多斯市）鄂爾多斯左翼後旗、右翼後旗地。順治五年（1648年）設置烏拉特前旗、烏拉特中旗、烏拉特後旗（今烏加河以北以東）。清光緒二十九年（1903年）設五原廳。

    中華民國元年五原廳改縣。民國3年（1914年）設綏遠特別行政區，當時境內設有五原縣、烏拉特前旗、烏拉特中旗和烏拉特後旗。民國14年（1925年）設置臨河、大佘太設治局，民國16年（1927年）設置磴口縣。民國17年（1928年）綏遠特別行政區改設為綏遠省，當時境內設有五原縣、大佘太設治局（民國20年7月大佘太設治局更名安北設治局）、臨河設治局（民國18年10月臨河改縣）、烏拉特前旗、烏拉特中旗和烏拉特後旗。民國31年（1942年）綏遠省在後套實行新縣制，增設米倉縣、狼山縣、晏江縣和陜壩市鎮籌備處。時境內設有五原縣、臨河縣、安北縣、米倉縣、狼山縣、晏江縣、烏拉特前旗、烏拉特中旗、烏拉特後旗和陜壩鎮籌備處。

    1949年，綏遠和平解放。1950年3月成立綏遠省陜壩專員公署，轄五原、臨河、安北、狼山、米倉（1953年9月撤，改設杭錦後旗）、晏江縣（1953年10月撤，改設為達拉特後旗）及陜壩鎮。烏拉特前旗、烏拉特中旗、烏拉特後旗時屬烏蘭察布盟。1952年10月，烏拉特中旗、烏拉特後旗合併，改設為烏拉特中後聯合旗。1954年綏遠省撤銷，綏遠省陜壩專員公署改設為內蒙古自治區河套行政區。

    河套行政區人民政府設在陜壩鎮，轄五原縣、臨河縣、安北縣（1958年4月撤，劃入烏拉特前旗）、狼山縣（1958年4月撤，劃入杭錦後旗）、達拉特後旗（1958年4月撤，劃入五原縣）、杭錦後旗、陜壩鎮（縣級，1958年4月撤，劃入杭錦後旗）。1956年，甘肅省所轄巴音浩特蒙古自治州和額濟納自治州劃回內蒙古自治區，成立巴彥淖爾盟，盟政府駐巴彥浩特市，轄阿拉善旗、額濟納旗、磴口縣和巴彥浩特市。

    1958年，河套行政區、巴彥淖爾盟合併，成立新的巴彥淖爾盟。巴彥淖爾盟行政公署遷至磴口縣巴彥高勒鎮，轄阿拉善旗（1961年撤，分設為阿拉善左旗和阿拉善右旗）、額濟納旗、杭錦後旗、烏拉特前旗（1958年由烏蘭察布盟劃歸，1960年7月～1963年12月間隸屬於包頭市）、烏拉特中後聯合旗（1958年由烏蘭察布盟劃歸）、五原縣、臨河縣、磴口縣（1960年7月～1964年7月間為巴彥高勒市）、烏達市（1961年7月設）。1969年7月，將阿拉善左旗劃出歸寧夏回族自治區，阿拉善右旗、額濟納旗劃出歸甘肅省。1970年巴彥淖爾盟革命委員會由磴口縣巴彥高勒鎮遷臨河，10月設置潮格旗，時巴彥淖爾盟轄杭錦後旗、烏拉特前旗、烏拉特中後聯合旗、潮格旗、五原縣、臨河縣、磴口縣、烏達市（1975年8月劃出）。

    1982年烏拉特中後聯合旗、潮格旗分別更名烏拉特中旗、烏拉特後旗，1984年12月，臨河縣改設為臨河市（縣級）。2003年12月1日，國務院批准撤消巴彥淖爾盟和縣級臨河市，設立巴彥淖爾市和臨河區。巴彥淖爾市人民政府駐臨河區，巴彥淖爾市轄杭錦後旗、烏拉特後旗、烏拉特中旗、烏拉特前旗、五原縣、磴口縣和臨河區。

責編：多國麗