山門腳下這些未完成的石頭表明工程是在哪個階段開始削減的。5年之後，伯裏克利死於一場瘟疫，這場瘟疫奪去了雅典很多人的生命。公元前404年，雅典最終被斯巴達人攻陷，黃金時代結束了，短暫的民主時期也一去不復返。此後雅典再也沒有鑄造如此的輝煌。

　　羅馬帝國吞併希臘後，雅典衛城被保存下來，成為人類偉大建築成就的豐碑。但隨著基督教的興起，帕臺農神廟被改為教堂。為了抹去異教的歷史，許多雕刻被污損了。

　　後來雅典又成為奧斯曼帝國的一部分。基督教堂隨之被改為清真寺，寺旁還設置了尖塔，雕像遭到進一步污損。雖然蘇丹用這座建築作為他的女眷的內室，但厄瑞克忒翁神廟裏的女像柱面部都被涂掉了。

　　然而，經過1000多年各種戰亂與動蕩的破壞，雅典衛城仍基本保持原樣。

　　公元1687年，奧斯曼人與威尼斯人交戰，威尼斯人包圍了雅典。奧斯曼軍隊把火藥貯存在了他們認為最安全的地方，即帕臺農神廟內。9月24日，威尼斯將軍弗朗西斯科莫裏辛把炮口對準了帕臺農神廟。炮擊從中午到傍晚連續不斷，有800多發炮彈直接擊中目標。最後不可避免的事終於發生了：一發炮彈穿透屋頂，擊中了彈藥庫。頃刻之間帕臺農神廟被炸得面目全非，無法修復。

　　在以後的300年中，隨著考古學和修複學的發展，人們逐漸揭開了雅典衛城的建築奧秘。今天文物修復者正從空前的深度上揭示著這些秘密。

　　雅典衛城遭到威尼斯人破壞後，在接下來的200年間又遭到了遺棄與文化劫掠之災，一些大理石甚至被碾碎做水泥。但到19世紀初，人們對古典建築研究的復興使雅典衛城又成為引人注目的焦點。到這裡來旅遊的北歐貴族日益增多，數以百計的雕塑碎片被他們順手拿走當作紀念品。

　　1801年，土耳其人批准英國大使埃爾金伯爵拯救雅典衛城的藝術品。於是埃爾金伯爵著手把雅典衛城的藝術品大批運回英國。山花上的雕刻、騎兵雕帶和半人半馬怪獸的惡戰場面的雕塑都成為他收藏中的珍品。僅運費一項就花了埃爾金伯爵75000英鎊，相當於今天的300萬英鎊。

　　他雇用了一名意大利風景畫家喬瓦尼盧切裏為他選取雕刻品。盧切裏在他的信件透露了埃爾金在他的所謂的藝術品搶救工作中的野蠻行徑。後來，一位出於善意但技術外行的考古學家加劇了盧切裏造成的破壞。