2月17日，中國足協下發了2013年足協盃賽規程，明確規定，如果足協盃冠軍位列中超聯賽三甲，則由聯賽第四名而非足協盃亞軍參加亞冠聯賽。

　　經過努力，中超得以保留4個亞冠名額。但由於缺乏相關規定，在亞冠名額的內部分配問題上，一度産生爭議：一旦産生雙冠王，第四個亞冠名額將歸於哪支球隊？中超第四名和足協盃亞軍，到底誰更有資格參加亞冠？這不僅引起了球迷的爭論，包括相關中超俱樂部，也都感到困惑。好在上賽季的足協盃亞軍貴州人和，剛好也是中超第四名，足協免於因此陷入被動。

　　為此，2013年足協盃規程中，對亞冠名額分配問題做出了明確説明。依照獎勵條款，足協盃冠軍將獲得亞冠資格，如果足協盃冠軍同時也是中超三甲球隊，則由聯賽排名靠前的球隊遞補，足協盃亞軍無緣亞冠。在足協盃賽排位上，情況有所不同。按照規定，第三輪才有中超球隊出場，上賽季足協盃冠軍和中超三甲球隊直接進入第四輪。如有重疊，由上賽季足協盃亞軍遞補。

　　和去年一樣，共有48支球隊參加今年的足協盃賽。其中，中超、中甲球隊自動入圍，另有8支中乙球隊、4支業餘聯賽球隊，及亞洲展望城市聯賽、大學生聯賽前兩名的球隊。凡涉及不同等級聯賽球隊之間的比賽，上場外援的政策將按低級別球隊聯賽的外援政策執行。前5輪比賽均為單場淘汰，聯賽排名靠前的球隊優先選擇主場。半決賽和決賽則採用主客場制，聯賽排名靠前的球隊先客後主。