2012年4月25日，東芝2012中國足協盃官方抽籤儀式在北京舉行。上賽季足協盃冠亞軍天津泰達和山東魯能再次分在一個片區，8分之1決賽極有可能相遇。

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　　隨著抽籤的結束，中超隊分區最終落定。天津泰達所在分區包括了山東魯能、上海申花、長春亞泰，堪稱死亡賽區，廣州恒大所在分區包括河南建業、大連阿爾濱、上海申鑫。廣州富力、杭州綠城、江蘇舜天被分入遼寧宏運所在分區，而北京國安所在分區則包括了青島中能、大連實德和貴州人和。

　　本屆足協盃共有48支參賽隊伍，為足協盃歷史上規模最大的一屆。參賽球隊構成為中超16隊、中甲16隊，其餘16支球隊將從中乙、亞洲展望城市聯賽、大學生聯賽、業餘足球聯賽中産生。上賽季的中超前三名廣州恒大、北京國安和遼寧宏運以及2011年足協盃冠軍天津泰達將從第四輪開始參加東芝2012中國足協盃賽事。抽籤將廣州恒大、北京國安、遼寧宏運和天津泰達分在不同的四個片區。

　　首輪比賽由乙級聯賽8支隊伍、業餘聯賽4支隊伍、大學生聯賽2支隊伍和亞洲展望城市聯賽2支隊伍共16支隊伍參加。具體的對陣情況如下：陜西老根城對陣大連龍卷風、長春農商銀行風雲對陣湖北青年、上海中邦對陣太原理工大學、淄博星期天對陣東莞南城、貴州智誠對陣武漢東風本田、同濟大學對陣河北中基、廣東青年對陣中國英利、山東男足對陣武漢宏興。

　　第二輪于6月2日進行，共12場比賽，16支中甲球隊從這一輪開始參賽。前國腳，著名足球評論員徐陽抽出了第2輪的一場焦點戰，北京八喜對陣北理工的北京德比。抽籤結果如下：北京八喜VS北京361大學生、瀋陽沈北VS陜西老根城對陣大連龍卷風之間的勝者、重慶力帆VS長春農商銀行風雲對陣湖北青年之間的勝者、深圳紅鑽VS哈爾濱松北毅騰、呼和浩特東進VS上海中邦對陣太原理工大學直接的勝者、天津松江VS淄博星期天對陣東莞南城之間的勝者、武漢卓爾VS貴州智誠對陣武漢東風本田之間的勝者、廣州日之泉VS同濟大學對陣河北中基之間的勝者、延邊長白虎VS重慶FC、湖南瀏陽河VS廣東青年對陣中國英利之間的勝者、成都謝菲聯VS山東男足對陣武漢宏興之間的勝者、上海特萊仕VS福建俊豪。

　　第三輪比賽剩餘12支中超球隊竟開始參賽。大連阿爾濱面對的是：北京八喜VS北京361大學生；上海申鑫面對的是：瀋陽沈北VS陜西老根城對陣大連龍卷風之間的勝者；河南建業面對的是：重慶力帆VS長春農商銀行風雲對陣湖北青年之間的勝者；上海申花面對的是：深圳紅鑽VS哈爾濱松北毅騰；長春亞泰面對的是：呼和浩特東進VS上海中邦對陣太原理工大學直接的勝者；山東魯能面對的是：天津松江VS淄博星期天對陣東莞南城之間的勝者；

　　青島中能面對的是：武漢卓爾VS貴州智誠對陣武漢東風本田之間的勝者；貴州人和面對的是：廣州日之泉VS同濟大學對陣河北中基之間的勝者；大連實德面對的是：延邊長白虎VS重慶FC；廣州富力面對的是：湖南瀏陽河VS廣東青年對陣中國英利之間的勝者；江蘇舜天面對的是：成都謝菲聯VS山東男足對陣武漢宏興之間的勝者；杭州綠城面對的是：上海特萊仕VS福建俊豪。

　　第四輪即八分之一決賽將於7月18日舉行，單場淘汰，共8場比賽，獲勝球隊進入八強。廣州恒大、北京國安、遼寧宏運、天津泰達四支球隊開始參賽。對陣情況如下：大連阿爾濱比賽勝者VS上海申鑫比賽勝者；廣州恒大VS河南建業比賽勝者；上海申花比賽勝者VS長春亞泰比賽勝者；天津泰達VS山東魯能比賽勝者；北京國安VS青島中能比賽勝者；貴州人和比賽勝者VS大連實德比賽勝者；遼寧宏運VS廣州富力比賽勝者；江蘇舜天比賽勝者VS杭州綠城比賽勝者。

　　八強球隊仍然根據既定簽位確定對陣，進行第五輪的比賽。第四輪和第五輪賽事將分別於7月18日和8月1日進行。半決賽將採取主客場制，比賽日期為8月22日和9月26日，晉級四強的球隊同樣通過既定簽位確定場次和對陣，總體排名靠前的球隊擁有優先選擇主客場順序場的權利。最後的決賽採用主客場制，兩隊將通過抽籤確定主客場順序，抽籤將在半決賽後進行，兩場比賽間隔一週，分別於11月10日和17日進行。最終的冠軍將獲得下賽季亞冠聯賽參賽資格。