《黑客帝國》作為一部超越了傳統科幻電影的劃時代經典作品，它的卓越之處還體現在無窮無盡的鏈結感上。正是這些意義的延伸，才給觀眾帶來更多的觀看樂趣。

　　尼奧（Neo）/托馬斯安德森（Thomas Anderson）

　　在希伯來語中，托馬斯的意思是雙生。這象徵著尼奧平時的雙重身份：一個是程序員托馬斯安德森，一個是黑客尼奧。而安德森在希伯來語中的含義是“人之子”，這正是耶穌的身份。

　　組成Neo（尼奧）的這三個字母掉轉順序後就可以組成“one”，表示他就是那個拯救人類的救世主“The One”。而“基督”一詞在希伯來語中的本意就是“被指定的那個人”——The One。

　　墨菲斯（Morpheus）

　　在希臘神話中，墨菲斯是夢神，擁有改變夢境的能力。在電影中，墨菲斯是把人們從夢境般的虛幻世界中喚醒的指路人。

　　墨菲斯指揮的飛船是“尼布甲尼撒”號，這是用巴比倫的智慧之神的名字命名的。而在《聖經》中，尼布甲尼撒是巴比倫的國王，曾找人解夢。而在電影中，墨菲斯等人乘坐“尼布甲尼撒”號飛船去找先知詮釋什麼是真實。

　　崔尼蒂（Trinity）

　　Trinity的意思是“三位一體”，在基督教中，“三位一體”指得是聖父、聖子、聖靈。而在現代心理學的奠基之作《夢的解析》一書中，“三位一體”指代了女性意識，她能夠進入神秘的領地和完美的境界。

　　先知（Oracle）

　　Oracle的希臘語本意是解惑、傳遞解釋神的預言，可以是人、地方，也可以是物品。這些預言通常是模糊的，是現實的一種扭曲，所以能解釋的人一定要很有智慧，但即使是他們也不一定能保證預言正確。先知的目的是用自己看到的模糊景象指導信徒，但不能幫他們做決定，決定本身完全取決於人們主觀的意願。

　　史密斯（Smith）

　　英文中的Smith意思就是鐵匠，而他的車牌號是IS 5416，這都暗含著宗教含義。在《聖經以塞亞書》第54章16節裏説到：吹噓炭火，打造合用的器械的鐵匠是我所造；殘害人、行毀滅的也是我所造。這正暗指特工史密斯在矩陣系統中的作用——消滅一切危害矩陣運行的異常程序。

　　梅羅紋加（Merovingian）

　　梅羅紋加是法國封建社會中六個王朝的第一個，歐洲中世紀的黑暗歷史正是從梅羅紋加王朝開始的，經歷六朝，正符合電影中矩陣曾經有六代版本的故事。在電影中，梅羅紋加是一個曾經很有力量的人，而且他喜歡説法語，居住在法國式的城堡中。

　　法國的梅羅紋加王朝也是歐洲浪漫神話的發源時期，而這些神話的核心人物則是“墮落天使”，他們因為背叛上帝被趕出天堂，撒旦正是這些墮落天使的首領。這也正符合電影中梅羅紋加在矩陣中的身份——他是所有背叛矩陣的程序人的首領，利用自己的能力來對抗矩陣。

　　塞拉伕（Seraph）

　　塞拉伕是先知的守衛者，這個名字在歐洲中世紀神話中是天使9個等級裏級別最高的六翼天使。當尼奧在矩陣中第一次見到他的時候，他的代碼呈現了與眾不同的金色。塞拉伕在矩陣中的作用相當於保護先知不受侵害的防火墻，非常有力量，曾經打敗過史密斯。

　　卡瑪拉（Kamala）

　　卡瑪拉在梵語中的意思是“蓮華”，代表的是清凈。在佛教中有句真言就叫做“卡瑪拉”。在影片中，卡瑪拉是一個由程序自行産生出的新程序，是矩陣世界中第一個由人工智慧培養出來的智慧程序。在影片結尾暗示了她具有改變矩陣世界代碼的能力。