黑客帝國 Ⅲ ——矩陣革命

　　本集故事緊接著上一集的劇情開始了。尼奧在一個虛擬環境中甦醒過來，不知道自己身在何處。而一個小女孩薩蒂告訴他，這是一個歸“火車人”管的地方，是獨立於矩陣的一個世界。而這個“火車人”則是梅羅文加的手下。

　　崔尼蒂和莫非斯趕到先知那裏，發現先知的外貌已經改變了。先知告訴他們，她為了幫助尼奧，必須要以毀容為代價。先知告訴他們，尼奧現在被困在一個位於矩陣和真實世界中間的地方不能脫身。這個地方歸梅羅文加管，如果要救尼奧，就必須要去找他。

　　尼奧發現自己被困在了地鐵站，只能在原地繞圈，根本跑不出這個地方。

　　莫非斯他們和火車人展開追逐，但火車人很快就擺脫了莫非斯他們。於是莫非斯他們來到了地獄俱樂部找梅羅文加，照例又是一番激烈的槍戰後，他們來到了梅羅文加的面前。

　　尼奧被救出後，發現自己有很多的困惑，於是又找到先知，想知道這些問題的答案。

　　斯密斯也趕到了先知家中，他感染了所有的人，開始得意地大笑。如果沒有人阻止他，斯密斯就將毀滅整個矩陣世界。

　　所有的人都在為戰爭做著準備，而一直閉門思考的尼奧終於走了出來。他要一條船前往機器之城，和機器談判徹底終結戰爭。所有的人都覺得這個主意很瘋狂，因為從來沒有人能夠到達機器之城。但莫非斯的情人尼俄柏相信尼奧，把自己的船交給了尼奧和崔尼蒂。

　　在尼奧和崔尼蒂主準備出發時，被特工斯密斯附體的人類拜恩突然襲擊了尼奧，將他的眼睛弄瞎了。但這時尼奧忽然發現自己可以不用眼睛就能夠看見拜恩，發現了他被斯密斯附體的真相，最後終於殺死了拜恩。

　　這時機器烏賊已經攻到了錫安，人類和機器在空港展開了殘酷的殊死搏鬥。人類依靠巨大的機甲戰士和烏賊進行著你死我活的戰鬥，所有的人類都在為自身的生存而戰鬥著。在最緊急的關頭，莫非斯和尼俄柏駕駛飛船及時趕到，用電磁炸彈挽救了即將失敗的戰局。但是隨後更多的機器烏賊趕到，錫安一片混亂，大家都在準備最後的戰鬥，沒有人認為還有倖存的機會。

　　同時，尼奧和崔尼蒂也在向著機器之城進發。尼奧利用自己的超能力打開了一條血路，在激烈的戰鬥中，飛船穿越遮蔽了天空的雲層，他們第一次見到了光明溫暖的太陽。最後他們在付出了慘重的代價後終於達到了機器之城，崔尼蒂也為此付出了生命。尼奧終於和機器開始了談判，最後以消滅斯密斯為代價達成了和平協議。

　　在暴雨中的矩陣，尼奧和斯密斯展開了驚天動地的最後決戰。他們上天入地，最後終於來到了一切完結的時刻。

　　機器烏賊從錫安撤離了，戰爭終於結束了。在矩陣中，先知和建築師進行了最後的對話，這些懸而又懸的對話似乎為我們揭開了最後的謎底。