黑客帝國 Ⅱ——重裝上陣

　　錫安的船長們正在秘密開會，討論機器烏賊的進攻問題。控制中心確認有25萬的機器烏賊將在72小時內攻入錫安，但許多船長並不相信這個情報。莫菲斯帶著尼奧和崔尼蒂趕到會議現場，請求其中一個船長幫助他等待先知的消息。

　　會議被一個神秘客人的消息打斷，原來尼奧的老朋友——特工斯密斯死而復生，不再受矩陣的控制，並具有了自我複製的能力。

　　莫菲斯等人回到人類最後的城市錫安，他們將在這裡為飛船充電，以便很快返回矩陣尋找先知。莫菲斯和議長哈曼以及司令官洛克之間為如何防禦機器烏賊的進攻展開了激烈的爭論。

　　夜晚，成千上萬的錫安居民趕到山洞中的聖殿，莫菲斯發表了震撼人心的演説。

　　狂歡之後，無法入睡的尼奧和議長哈曼就機器的哲學展開了發人深省的討論。

　　尼奧趕到矩陣中和先知會面，而先知的守護者塞拉弗的代碼居然閃爍著金光，和綠色的矩陣代碼完全不同。經過一番打鬥後，塞拉弗確信尼奧就是救世主，帶他進入了程序員出入的後門程序。

　　當先知走後，特工斯密斯在群鴉中現身了。尼奧對此並不驚訝，由於此時的尼奧能力比以前更加強大，眾多斯密斯都沒有能夠將他擊敗。

　　為了找到關鍵人物“鑰匙匠”，尼奧他們來到了矩陣中另一個和先知一樣古老的程序梅羅文加的地盤。梅羅文加並不願意將“鑰匙匠”拱手送出。

　　這時梅羅文加的妻子帕塞芬意外地表示願意幫助莫非斯他們。由於有了帕塞芬的幫助，尼奧他們終於找到了神秘的關鍵人物“鑰匙匠”。

　　梅羅文加帶人趕到，尼奧為了掩護莫非斯和崔尼蒂他們，留下和他們展開了一場惡鬥。而梅羅文加手下最邪惡的雙子幽靈也追蹤莫非斯他們來到了高速公路。在這裡，莫非斯、雙子幽靈和特工三方進行了一場驚心動魄的搏鬥。在最後的關鍵時刻，尼奧趕到救出了莫非斯和鑰匙匠。

　　鑰匙匠向船長們講述了一個重大的秘密，原來他手裏的鑰匙可以打開通往矩陣源程序的大門。莫非斯相信這將終結人類和機器之間的戰爭。

　　當行動開始後，因為有一艘飛船被機器烏賊擊毀，崔尼蒂為了挽救任務，不顧尼奧事前的警告而進入矩陣，切斷了電源。

　　當鑰匙匠帶領尼奧和莫非斯進入到程序員通道後，陰魂不散而又無處不在的斯密斯出現了。最後鑰匙匠犧牲了自己，終於打開了通往源程序的大門。尼奧進入到了這個神秘的地方，見到了矩陣的設計師。

　　崔尼蒂果然如尼奧夢中一般被特工的子彈擊中。但尼奧以神奇的速度飛過矩陣，在半空中接住受傷的崔尼蒂，並用手取出了子彈，以他自身的神奇力量讓崔尼蒂復活。

　　在現實世界中，“尼布甲尼撒號”飛船被機器烏賊擊毀，尼奧他們在機器烏賊的追擊下倉皇逃命。正在這個時候，尼奧忽然感到事情有些不一樣，他在現實世界中也具有了矩陣虛擬世界中的超能力，僅僅用手就阻止了機器烏賊。然後他就昏了過去，留給觀眾們一個巨大的懸念。