上新河地區集體屠殺 1937年12月間，日軍在上新河地區殘暴地屠殺了28000餘人。12月13日日軍佔領南京後，南京市民和已放下武器的中國士兵共有28000餘人先後群集到水西門外上新河一帶，想從這一地區逃出南京城，結果都被日軍俘虜，後被日軍殘暴地殺害。日軍或用機槍掃射，或用刀劈，或用繩縛住手腳推入水中淹死，或蓋上柴草、澆上煤油燒死。目擊者湖南木商盛世徵、昌開運於南京淪陷時，居住在上新河地區，曾在死屍堆中逃出，親見日軍在江東門、鳳凰街、廣播電臺、自來水廠、新河口、拖板橋、菜市口、螺絲橋、東嶽廟等地屠殺南京難民的情景。他們曾於1946年1月15日呈文證詞説："日軍殺害我國被俘虜軍人及逃難人民，共計28730餘人，斃命於上新河地區。自民國26年（1937年）12月中旬的一天，當時日軍將被俘軍民用鉛絲縛手腳，推下河水中，有的蓋上柴草，倒下煤油燒死，婦女幼女被姦死者眾。此外，以手榴彈、機槍、刺刀等武器處死者更多，國軍及逃難人民，屍橫遍野，人血染地。當時本地居民早已逃避一空，因我等是湖南木商，為財産關係，未有離去。目睹慘狀，於心不忍，由我們私人捐款，收埋一批屍體。"（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）又據現仍健在的曾經目睹日軍在江東門大屠殺慘景的老人朱有才回憶證實説：1937年12月16日傍晚，日軍把囚禁於原國民政府陸軍監獄內的萬名以上已解除武裝的中國士兵和平民（半數以上是平民）驅趕到江東門集市附近，人群聚集塞滿了道路，直到江東河邊。突然，日軍一聲令下，道路兩旁草房全被澆上汽油燃燒，在火光照明下，輕重機槍一起掃射，頓時一片哀號，屍體遍地，蔽滿了江東門河面。大批坦克、軍車、騎兵就從這開過江東河。日軍稱這為“中島橋”。後來南京紅十字會在該地區和紅十字會收屍約15000余具，掩埋於就近的兩大土坑內，當地人稱這為"萬人坑"（注：現為侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館所在地）。倖存者原國民政府陸軍第八十八師士兵劉世海，在上新河地區大屠殺中曾被日軍砍傷，後於死屍堆中爬出，得免一死。他於1985年回憶與50多名士兵在上新河一帶的遭遇時説：“我們一行有50餘人，從三漢河來到江東門，打算向蕪湖方向去。一路上看到許多屍體橫陳，一根電線桿上倒挂着七八具屍體，都用鐵絲穿着鎖骨連在一起，有男有女，還有小孩。再往前走，死者更多，在模範監獄門前，被一隊日本兵攔住，把我們強行趕到監獄東邊的菜地裏，命令我們排成一隊，周圍有五六十名日本兵，突然從四週衝過來，用軍刀刺刀亂砍亂殺。我的脖子上被砍了一刀，我只記得有個日本兵高舉軍刀向自己砍來的兇惡形象，後來我別的什麼也不知道了，等到我醒過來時，天已經黑了，我身上還壓着兩個死人，我使勁推開，站了起來，趁着天還沒亮，就趕快離開了那塊菜地，走了半裏多路，看到一個防空洞，我躲進洞中。我們同行的50來人，只我一人倖存，現在脖子上還有刀痕約十厘米。”（《侵華日軍南京大屠殺史料〔紀實，證言專輯〕》，江蘇古籍出版社1985 年版，第401--402頁。）還有目擊者當年居住在水西門外一帶的劉修榮、苗學標等也都有呈文證實當年日軍在這一地區屠殺的情景。南京審判戰犯軍事法庭根據大量檔案和回憶資料的證實，在判決谷壽夫戰犯案件時認定：民國26年12月間，在上新河地區，日軍屠殺中國軍民28730人。（國民政府檔案館藏。）

　　鳳臺鄉、花神廟集體屠殺 1937年12月10日，日軍第六師團和第一一四師團佔領鳳臺鄉、花神廟、雨花臺一線後，該地區兩三萬人來不及逃走，即分散到附近農村田野裏。日軍先後將他們分批集體屠殺，其中鳳臺鄉、花神廟一帶被屠殺難民5000余名。放下武器的士兵2000余名。證人花匠芮芳緣、農民張鴻儒、商人楊廣才等人，曾在1945年12月8日聯名結文陳述組織義務掩埋隊，收埋屍體的工作情況證明：計於南門外花神廟、兵工廠一帶收埋難民屍體約5000余具，放下武器的國軍士兵屍體約2000余具。（芮芳緣等揭發日軍暴行結文，南京市檔案館藏。）侵華日軍陸軍坦克部隊上等兵中山重夫回憶這次屠殺的情景説：“我忘不了……在南京郊外雨花臺見到的情景，日軍士兵讓打着白旗來到這裡的中國人坐在壕溝邊，然後逐個用刺刀捅死，對於一刀未刺死痛苦掙扎的人，則用軍靴踢到壕溝中用土埋上，這場不分老幼的殺戮，持續了4個多小時。……我當時是機械兵，在修理坦克的沿途看到纍纍的屍體中，夾雜着許多無論如何也不會成為戰鬥人員的婦女和老人屍首，這使我感到不可思議。”（〔日〕《朝日新聞》1984年6月23日）還有一名日本兵名叫宮本淳，他在中華門外用刺刀大量刺殺中國平民，説：“在中華門外，用刺刀殺了不少奔跑的人，殺到後來，執刀的手都顫抖起來。這時長官命令不許停刀，但也只好違令了。”（郭士傑《日寇侵華暴行錄》，聯合書店1951年版。）對這次屠殺，1947年1月，南京審判戰犯軍事法庭，由石美瑜庭長帶領法官和慈善團體代表，專到中華門外埋屍集中地點進行了發掘。發掘出的數千具屍骨中，經法醫鑒定，有大量的男女屍首和留有槍傷、刀傷痕的屍骨。這是日軍在中華門外集體屠殺罪行的鐵證。後南京審判戰犯軍事法庭認定：民國26年（1937年）12月間，難民5000余名、士兵2000余名，在南門外附近鳳臺鄉、花神廟一帶被屠殺。（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）

　　燕子磯江灘集體屠殺 1937年12月間，日軍在燕子磯江灘集體屠殺5萬餘人。日軍佔領南京城後，先後有5萬餘名難民和已解除武裝的士兵聚集到燕子磯江邊，希能渡江逃生，但因無船隻，為大江所阻。這時，由城內而至的日軍把難民們和士兵團團圍住，架起數十挺機槍，進行掃射，致使5萬餘名難民和士兵都慘遭殺害，大部分屍體漂流長江。1945年南京大屠殺敵人罪行調查委員會李龍飛等經調查確認：日軍在燕子磯江灘，殺斃已解除武裝的中國軍人和難民共5萬人以上。（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）當年在中國國民政府陸軍第八十八師供職、後為南京八卦洲農民的郭國強曾目擊數萬名放下武器的中國軍人在燕子磯被屠殺的慘景。他回憶説：“1937年12月我和二三百名'中央軍'穿着便衣，逃到南京燕子磯三台洞附近，親眼看見日軍在燕子磯江灘進行大屠殺的情景。當時日軍用機關槍掃射了一天一夜，我看見大約有2萬名以上已解除武裝的‘中國兵’喪命了。“南京審叛戰犯軍事法庭對日軍在燕子磯江灘的集體屠殺暴行，進行查證最後判決認定：“民國26年（1937年）12月間，在燕子磯江灘日軍屠殺中國難民和 解除武裝的士兵在50000人以上。”（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）

　　1937年12月12日，日軍在中華門外方家山長生寺將該寺19名僧人，用步槍集體射殺。1937年12月12日晚6時余，日軍在中華門外西街145號將張玉發一家及親戚張書新、張玉根等10餘人集體槍殺。1937年12月13日，日軍在通濟門外四方城一號龍華寺，將逃至該寺地下室的難民30餘人集體槍殺，並對有氣息者用刺刀補戳。1937年12月13日，日軍在武定門444號正覺寺內，將該庵僧人慧兆、德才、慧光等17人集體槍殺。1937年12月13日，日軍在東門小心橋38號消災庵內，將該庵尼姑燈元、燈高、慧定和逃至該庵的平民卓呂同、卓三元等9人，拖至該庵附近空地上，用步槍射殺，對未死者再用刺刀戳死。1937年12月14日，日軍在漢西門外集體屠殺難民和非武裝軍警700餘人。1937年12月14日，日軍在太平鄉第一保第五甲將農民王長懷、孫尚仁、葛步廣、董長明、董長洪、趙府貴、周殿臣、謝周氏、王永橋、易吳氏、王立泰、趙立喜等人集體屠殺。1937年12月14日，日軍在石觀音17號將居民柯徐氏、柯榮桂、柯方氏、柯榮春、柯根菜、小巧子、趙雪美等人集體槍殺。1937年12月15日下午，日軍在挹江門姜家園南面將居民300餘人用機槍集體射殺。1937年12月15日，日軍在管子橋北圩將熊桂弟等30餘人，用機槍集體殺害。1937年12月16日，日軍中島部隊在鼓樓四條巷一帶挨戶搜捕青年200餘人，押至該巷池塘邊，5人一捆，全部槍殺於三個塘內。據目睹者張德才、謝寶全等人説，事隔40余天，我們見此200多具屍體均已被水泡大腐爛。1937年12月間，日軍將500余名被俘軍人押至下關九甲圩江邊等處，用機槍集體射殺，無一倖免。1937年12月間，日軍在太平門、仙鶴門集體屠殺俘虜約7000餘人。有進攻南京的日軍第十六師團長中島今朝吾的日記作證。中島在日記中寫道：“有七八千名集結在仙鶴門附近的中國兵陸續來投降，要處理這七八千人，必須有相當大的壕溝，實在很難尋覓，打算把這些人分成一百、二百，引誘至適當地方下手。”（中島日記〔日]《歷史與人物》增刊號1984年12月。）1937年12月間日軍在新街口廣場以發放食鹽為名，一次集中有4000餘人，將他們團團圍住，然後用機槍掃射，幾千人立即倒在血泊中。1937年12月16日上午，日軍在鼓樓五條巷4號國際安全區內，將被俘軍民王克村、石岩等數百人，趕至大方巷廣場上，用機槍集體殺害。1937年12月16日上午，日軍又在鼓樓五條巷國際安全區4號難民區內，將青年徐靜森等10餘人，押至大方巷廣場上，用機槍殺害。1937年12月16日，日軍在國際安全區傅佐路12號，將平民謝來福、李小二等200餘人押至大方巷塘邊集體槍殺。1937年12月16日，日軍在國際安全區鼓樓四條巷難民所將張義魁等50餘人，集體槍殺，1937年12月16日，日軍在國際安全區中山北路前法官訓練所舊址，將平民呂發林等100餘人，趕至四條巷塘邊，用機槍集體射殺，無一倖免。1937年12月17日，日軍用機槍將逃至三叉河放生寺及慈幼院的四五百名男女難民和已解除武裝的中國軍人集體射殺，全部遇難。證人畢正清在證詞中説：他親眼目睹該河岸邊死屍約有四五百具。1937年12月18日，日軍在下關南通路北麥地用機槍射殺被俘軍民300餘人，無一倖免。1937年12月19日上午，在龍江橋口，日軍將難民和被俘中國軍人600余名捆綁後，先用機槍射殺，後焚燒，對未死者用刺刀戳死。

　　另外，根據中國南京軍事法庭調查、判決的文件記載：發生在安全區內的分散屠殺更是普遍，有居民、商人、工人、農民、醫生、學生等等。如：1937年12月13日，市民劉錫進在安全區漢中路锏銀巷口被日軍用槍刺死，楊祥麟作證。1937年12月13日，周寶相、周得勝二人，在難民區同遭日軍殺害，有證人梁李氏、陳周氏作證。1937年12月14日，市民路大江、農民王懷祥在難民區陰陽營水塘邊，被日軍用機槍射死，有證人路魯氏、王步光作證。1937年12月14日，醫士趙善成在城北難民區被日軍用刺刀戳死，有證人鄧必壽作證。1937年12月15日，學生於德明，在難民區金陵中學被日軍用槍射死，有證人盛春炎、於敏恭作證。1937年12月15日，商人蕭作梅在難民區金陵神學院內被日軍用刺刀戳死，有證人蕭稽氏、顧少東作證。1937年12且18日，難民王福元在陰陽營被日軍槍殺，有證人王劉氏作證。（注：以上其他地區的集體屠殺和國際安全區的屠殺均見中國國民政府檔案材料，中國第二歷史檔案館藏。）

　　上述事實，經中國南京審判戰犯軍事法庭查證：日軍集體大屠殺並毀屍滅跡的共28案，被害人數達19萬之多，這是法庭對315起起訴案經查證後確認的，均證據確鑿，有案可查。