中山碼頭集體屠殺 中山碼頭是侵華日軍南京大屠殺遺址之一，當時避難於國際安全區的青壯年難民）在這裡慘遭殺害的共達萬人以上。其中，1937年12月16日傍晚，日軍從避居於原華僑招待所等處的難民中，搜捕5000余青壯年男子，即全部兩手背綁押至中山碼頭江邊，用機槍集體射殺，並把屍體推人江中，進行毀屍滅跡。這次被屠殺的倖存者劉永興回憶説：“當時我家住在大方巷14號後面的難民區，12月16日下午3時左右，一個日本兵闖進門來，向我和弟弟揮了揮手，要我們跟他走，我們只好跟他去，同時出來的還有我家附近的共30餘人，我們先是到了一個廣場，天快黑時，場上已來滿了人，日軍叫我們六至八人排成一列，向中山碼頭走去。我和弟弟走在隊伍前頭，看到日軍拿着槍走在最前面。接着是30多個被俘虜的國民黨軍警，後面才是被抓來的平民百姓，隊伍的兩旁有日軍押着）隊伍的最後是騎馬的日軍軍官。一路上，我們看到路兩旁有不少的男女屍體，大部分是平民百姓，也有一部分是中央軍。到了下關中山碼頭江邊，我們看見日軍共抓來好幾千 人，日軍叫我們坐在江邊，周圍架起了機槍，我感到情況不妙，日軍可能要搞屠殺。我心想，與其被日軍殺死，還不如跳江尋死，就和旁邊的人商量跳江。日軍用機槍開始掃射，天已黑了，許多人往江裏跳，我和弟弟也跳江了，這時，日軍除繼續用機槍掃射外，又往江裏扔手榴彈，跳江的人，有的被炸死了，有的被炸得遍體鱗傷，慘叫聲，呼號聲，響成一片。一陣混亂之後，我和弟弟失散了，再也沒找到。我伏在屍體旁，突然，一顆子彈從我背上飛過，擦破了我的棉袍。我看見日軍用機槍掃射以後，又往屍體上澆汽油。縱火焚燒，我離岸較遠，才免一死。”在這次集體屠殺中，還有倖存者，鼓樓 3條巷47號市民徐進和另2名倖存者白增榮、梁廷芳，他們都在日軍屠殺時，立即伏倒，鑽入屍堆中，才得脫險。徐進於1946年1月26日給國民政府主席行轅秘書處呈文，陳述了日軍在中山碼頭屠殺數千名南京無辜市民的暴行經過。梁廷芳曾於1946年6月出席遠東國際軍事法庭作證，白、梁2人還向中國南京軍事法庭報告了日軍此次集體屠殺的罪行，並在南京軍事法庭審判南京大屠殺主犯谷壽夫時出庭作證。他們於1946年10月7日聯名向南京審判戰犯軍事法庭詳述了日軍此次屠殺經過。中國南京審判戰犯軍事法庭判定：1937年12月16日下午6點，聚集華僑招待所之難民5000餘人，被日軍押往中山碼頭，用機槍射殺後，焚燒屍體，棄屍江中。（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）

　　煤炭港集體屠殺 1937年12月17日，日軍將從各處搜捕來的軍民和首都電廠工人許江山等3000餘人，拘禁在煤炭港至上元門江邊，用機槍射殺，受傷未死的，又被押入附近茅屋用木柴縱火活焚致死。部分屍體被拋棄江中。此次屠殺，有當時首都電廠總工程師兼代廠長陸法曾等向南京市敵人罪行調查委員會呈文報告了該廠45名員工與一批被拘禁者約3000人，同遭日軍殺害的慘況。倖存者陳德貴、潘開明，目擊者何守江是日軍在煤炭港實施集體屠殺暴行的活見證。陳德貴説：“1937年12月13日，我跑到下關'和記洋行'避難。13日，日軍到了下關，發現了我們這一批難民。第二天早晨，來了200多個日本兵，從幾千難民中抓出2800多個年輕人，要大家排成4人一排，並要交出手錶，戒指等，然後把這些人押到煤炭港的倉庫裏關起來。第三天清晨，日軍打開倉庫的門，説：‘現在到工地去幹活，要每10個人一組出去。’不一會兒，聽到一陣槍響，過一會兒，門又打開了，再推出去10個人，又一陣槍響。我心裏明白，出去的人都被槍殺了。當日軍要第三批人出去時，我就出去了，這時約在上午8點多鐘。當我站到水裏，就在日軍舉槍射擊時，我一個猛子鑽進河裏，潛游到對面，藏在一個倒在河裏的火車肚裏，親眼看見10人一批一批地被日本兵槍殺的情景。”現年75歲的潘開明至今還經常到侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館向中外參觀者特別是日本的參觀團體詳實地敘述自己在煤炭港遇害的情景。目擊者何守江回憶日軍在煤炭港 放火燒房焚燒市民的情景時説：1937年12月間一天，我看見日本兵把兩三千人趕進煤炭港的一個大倉庫裏，在房子上潑了汽油，放一把火，把這些人都活活燒死了，只有一個青年人，知道倉庫墻角有一個下水道，把十指扒出了血，才從水道裏爬出來，沒有被燒死。 對於日軍在煤炭港集體屠殺的暴行，戰後中國南京審判戰犯軍事法庭經過調查判決確認：民國26年（1937年）12月14日至17日在煤炭港下游江邊，被拘禁者約有3000之眾，先以機槍掃射，繼集薪油之類，堆集茅屋四週，放火燃燒，全部殉難於是役。（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）

　　草鞋峽集體屠殺 草鞋峽位於南京城北長江南岸幕府山腳下的沿江一帶。日軍在南京的集體大屠殺以在這裡屠殺人數為最多，且尤為慘烈。被害人總數在57400餘人。 1937年12月14日，日軍第十三師團山田支隊抵達幕府山，所屬第六十五聯隊抵達長江邊。該隊隨即將逃至城外四郊的成批難民和未能渡江的被俘軍人均拘禁在幕府山下的四、五所村斷絕飲食。12月18日夜，日軍將這些難民和被俘軍人共57400餘人，趕至草鞋峽，用機槍掃射，對未死的再用刺刀戳，最後澆上汽油焚燒，將屍體拋入長江。對這次屠殺，有當時的目擊者嚕蘇、史榮祿，倖存者唐廣普、嚴洪亮等均分別呈文陳述了此次屠殺慘狀。（國民政府檔案，中國第二歷史檔案館藏。）倖存者唐廣普原是中國國民政府軍隊教導總隊的勤務兵，南京淪陷前夕，他跑至燕子磯想渡江逃命，因無船渡江，被日軍俘虜押至幕府山下被關在空營房裏，他説：這些空營房裏，共集中囚禁約幾萬人，大多為被俘士兵，另有部分警察和老百姓。日軍三天三夜不給飯吃，也不給水喝，老人小孩相繼饑渴而死，婦女全被輪姦。……12月18日，日本人從早上4點鐘就開始捆人，用整匹整匹的布撕成布條，先把人兩手反縛着，然後 再把兩個人的手臂捆在一起。從早上4點一直捆到下午4點，然後有個會講中國話的日本人講話，問哪個認識老虎山的帶路，説要送我們回南京城去。到了上元門大窩子江灘，日軍叫我們一排排坐下。這時難民中有人講："不好，要搞屠殺了！做鬼也要做個散手鬼。"就相互解繩子。晚上八九點鐘，日本兵開始屠殺。機槍一響，我就躺倒在地，20分鐘後，機槍停了，我右肩頭被打傷沒有知覺，死屍堆在我身上，感到特別重。約5分鐘後，機槍又開始掃射，過了一陣子，日軍上來，用刺刀戳，木棒打，再用汽油焚燒。這時我盡力掙扎，爬出死人堆後，順着江邊，往燕子磯跑，在一個被燒過的無人居住的房子裏，我鑽進礱糠灰裏，把衣服脫下，晾幹以後逃至八卦洲和江北，得以倖存。目擊者嚕蘇曾隱避於草鞋峽旁邊的大茅洞邊目睹了日軍這次大屠殺慘狀，在一份證詞中説："日寇進城後，將退卻國軍及難民男女老幼57418人，圈禁於幕府山下四、五所村，斷絕飲食，凍死餓死者甚多。農曆十六（即公曆12月18日）夜，用鉛絲兩人一扎，排成4路，驅至下關草鞋峽，用機槍悉行射後，再用刺刀亂戳，最後澆以煤油，縱火焚燒，殘余骸骨都投到江中。"由於草鞋峽集體大屠殺遇難同胞數量巨大，雖經日軍毀屍滅跡、投屍長江和掩埋處理，到第二年仍遍地屍骨。這在日偽檔案中有清楚記載：1939年5月，日偽南京市衞生局的事業報告中寫道，據市民呈報自寶塔橋起至草鞋峽止，沿江一帶墳堆無數，純係"事變"後，由紅十字會所掩埋之屍體，一年多來，經江水沖刷，……完全暴露，曾派員前往調查，計有3000余具。又據報大窩子地方有6000余具屍體，屍骨尚須掩埋，已派員實地調查計劃中。（《南京市特別市政府衞生局五月份事業報告書》，南京市檔案館藏。）後日偽南京市衞生局又於這一年6月13日至7月6日，組織了20余名工人，住宿在草鞋峽沿江處，專門進行掩埋屍體，共收瘞及遷葬屍骨3075具。（檔案資料，南京市檔案館藏。）