發酵床把豬的排泄物都分解了，所以豬感染病菌的幾率就大為減少。另外，發酵床還能預防豬的一些疾病。因為菌種裏有些是好氧的微生物，好氧發酵的最大特點就是産熱，所以，菌種發酵的時候會散發出很多熱量。豬趴在發酵床上，肚子上熱乎乎的，這對豬的腸胃消化系統有好處。特別是冬天，豬在發酵床上，就像在一個大的溫床上，冬天不用生火，也能過冬。如果是在水泥地上，地面溫度低，豬的腸胃就會受影響，也愛得消化方面的疾病。
    這冬天雖然好過了，可到了夏季，天兒一熱起來，下邊的發酵床再散熱，豬能受得了嗎？
    發酵床裏的微生物主要都在10厘米以下，床表面的微生物比較少，産生的熱量也少，而且表面的墊料還起到一個緩衝的作用，雖然下邊溫度高，也不會直接影響到豬。
    不過，發酵床畢竟沒有水泥地涼快，天氣熱的時候，豬會産生熱應激，抵抗力也會下降。所以，在豬捨得在建築上，要充分考慮到夏季天熱的通風問題。
    發酵床養豬的豬舍高度，一般要達到2.5米，比傳統的豬舍要出50厘米左右。還有前後窗戶的高度，窗戶底的高度應該離開地面是20公分，而且窗戶要開得大一些。這樣建的好處是：一是冷空氣下沉，窗戶低有利於冷空氣進來；再一個，空氣流通比較接近地面，形成掃地風，能帶走發酵床産生的熱量。這樣靠著空氣自然流通，豬捨得溫度就可以降下來。如果天氣再熱或者是沒風的時候，就把風扇打開，豬舍裏形成縱向通風，那就更涼快了。
    發酵床乾淨衛生，冬天能保暖，夏天的降溫措施也跟得上，所以豬得病少。即使有病豬，發酵床上也不能用藥。如果用藥，糞便中有藥物殘留，就會影響墊料中的微生物。
    為了避免藥殘，增強豬的免疫力，有些地方還配合發酵床在豬的飼料裏添加了一些天然植物免疫增強劑。一般免疫增強劑的添加量佔配合飼料的0.2%～0.3%。如果豬場發生了疫情，可以把添加量提高到0.5%，既能減少發病率，還能提高疫苗的作用。
    另外，在豬出欄前一個月，每天給每頭豬喂4克天然植物生長劑，添在飼料裏或加在飲水中都可以。天然植物生長劑是從各種天然植物中提取有效成分，有健脾益胃的功能。