根據日本憲法政教分離的原則，政府首腦正式參拜靖國神社是違憲的，但長期以來保守勢力處心積慮要衝破禁區。1951年10月，在舊金山條約簽字後，在舉行大祭當天，首相吉田茂率閣僚及眾參兩院議長正式參拜了靖國神社。自那以後，幾乎每屆首相都到靖國神社參拜，儘管明目張膽地在8月15日（戰敗日）以首相身份參拜的為數極少。
《日本國憲法》第20條規定，“對任何人的信教自由都給予保障。任何宗教團體都不得從國家接受特權或行使政治上的權利 ”。
第89條規定，“公款以及其他國家財産不得為宗教組織和團體使用、提供方便和維持活動之用，也不得供不屬於公家的慈善、教育或博愛事業支出或利用 ”。按照這些規定，靖國神社降格為東京都知事認可的宗教法人，失去了戰前所享有的種種政治特權。
但是，日本國內一小撮唸唸不忘為侵略戰爭翻案的右翼勢力，一直打著撫慰遺族的旗號，妄圖恢復靖國神社的特殊地位。1969年，自民黨提出了“靖國神社法案 ”，要求改變靖國神社的宗教法人地位，重新由國家出面進行管理。這一法案遭到在野黨、和平團體和宗教團體的堅決反對，自民黨5次向國會提出這一法案均以失敗告終。1974年，“靖國神社法案 ”一度在眾議院獲得通過，但終因未能在參議院過關而成為廢案。
歷史上參拜過靖國神社的首相有：
1975年8月15日，三木武夫首相首次以“個人身份 ”參拜了靖國神社。
1978年8月15日，首相福田赳夫以內閣總理大臣的身份參拜了靖國神社。
1985年8月15日，中曾根康弘首相以公職身份實現了正式參拜。
1996年7月29日，前首相橋本龍太郎在自己生日當天參拜了靖國神社。
2001年8月13日，日本首相小泉純一郎以總理大臣身份參拜了靖國神社。
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