進入90年代以來，中國科大抓住世紀之交的歷史機遇，主動適應國內外科技、教育和社會經濟發展的要求與挑戰，認真貫徹《中國教育改革和發展綱要》，進一步解放思想，提出第三次創業的口號，大力推進教學科研改革和結構性調整。“九五”期間，中國科大是全國獲准進行“ 211工程”建設的大學之一。 　　

　　中國科大現任名譽校長是全國人大常委會副委員長、中國科協主席、中國科學院院士周光召教授，黨委書記是中共中央候補委員、物理學家湯洪高教授，校長是中國科學院院士、化學家朱清時教授。 　　

　　中國科大在合肥和北京設有兩個研究生院，與中科院合肥分院聯合成立了中國科大高等研究院，在北京設立了管理學院。校本部共有8個學院，24個係和少年班，2個公共教學部，35個本科專業。一級學科博士、碩士學位授權點9個，二級學科博士學位授權點10個，二級學科碩士學位授權點26個，覆蓋了現有57個碩士學位授予專業，39個博士學位授予專業。學校還有9個博士後流動站，具備培養學士椝妒織博士的完整教育體系。有數學、物理、力學3個國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地，13個國家和中國科學院重點學科。現已建成同步輻射、火災科學、信息安全3個國家重點實驗室和國家高性能計算中心（合肥），5個中國科學院開放研究實驗室和中國科學院熱安全工程技術研究中心等一批重點科研機構。 　　

　　校本部現有教職工3360多人，其中教師1650余人，教師中有中國科學院院士和中國工程院院士11人，教授377人（其中博士生導師219人），副教授826人。另有博士後研究人員44名。中青年教師佔教師總數的80%以上，他們銳意進取，大膽創新，充滿朝氣與活力，許多人已成為國內外知名的學術&&人和教學科研骨幹。　 　　

　　校本部有在校學生8000多人，其中博士生550余人，碩士生1300多人，本科生5800多人，專科生340人。各類成人高等學歷教育在學學生近4800人。本科生入學成績和學生綜合素質一直在全國高校中名列前茅。 　　

　　校本部校園總面積113公頃（1692畝）,建築面積51萬餘平方米。擁有資産總值達27億元的先進教學科研儀器設備，圖書館藏書 120多萬冊，已建成國內一流水平的高校校園計算機網絡。 　　

　　中國科大始終堅持圍繞國家目標、不斷開拓創新的辦學宗旨。創辦初期，就創造性地把理科與工科即科學與技術結合起來，培養新興、邊緣、交叉學科的尖端科技人才。改革開放以後，中國科大又首倡恢復高考制度，創辦全國第一個少年班和研究生院，率先派遣大批教師出國進修、學習和開展科研合作，開辦不分係科的試點班，設立主輔修制，實行“四二三本科-碩士-博士”分流培養制、碩士博士連讀制和雙學位制，加強培養以創新精神為核心的全面素質教育，深化面向21世紀的教學內容與課程體系改革等。在人才培養方面堅持科學與技術、教學與科研、理論與實踐相結合，注重培養學生掌握寬厚紮實的基礎理論知識，具備較強的科研工作能力和現代實驗技能，強調培養學生的創新能力與全面素質。40多年來，中國科大共為國家培養了4萬多名德才兼備的高質量、高層次優秀人才，他們具有基礎知識寬厚紮實、外語及計算機應用水平高、現代實驗技能和消化吸收國內外先進知識與技術能力強、適應面廣、創新意識強、綜合素質好、後勁足等顯著優勢，其中一大批已成為科技、教育、經濟、管理和國防部門的中堅力量與業務骨幹,有的還走上了重要領導崗位，取得了令人矚目的成就，為學校贏得了社會公認的良好信譽。畢業生中的“兩院”院士佔全國目前60歲以下“兩院”院士總數的1／７。 　　

　　中國科大還面向世界科技發展的前沿領域和國民經濟建設的主戰場，積極開展科學研究，努力提高學術研究水平和技術開發能力。 　　

　　1978年以來，共取得重大科研成果近800項，其中達到國際水平250余項，獲得國家級獎勵近40項,院省部級獎勵近400項。 　　

　　每年在國際上發表的科技論文及被引用情況一直居國內高校前列，被國家科技部評為全國科研業績最佳的四所大學之一。在國際權威學術期刊美國《科學》和法國《研究》雜誌評出的中國13所傑出大學中，中國科大均名列第三，是我國在國際上有較大影響的大學。 　　

　　國家同步輻射實驗室是國家在大學中建設的唯一大型科學工程，獲得國家科技進步一等獎、中科院科技進步特等獎。近年來，又分別獨立承擔和參與了國家同步輻射實驗室二期工程、HT7U超導托卡馬克等“九五”期間國家首批大科學工程建設項目。 　　

　　此外，中國科大還參與提出和實施了“大面積多目標光纖光譜天文望遠鏡”、“東半球空間環境地面綜合監測子午鏈”等大科學工程項目。在保持基礎科學研究優勢的同時，學校還不斷調整科研佈局，積極進行高新技術跟蹤與研究，努力促進科研成果的轉化應用和技術開發。加強産學研合作，鞏固和發展了與大慶石油管理局、石化總公司、寶鋼集團、聯想集團等著名大中型企業的合作關係。在面向全國的同時，還積極為地方區域經濟、科技和教育等社會發展事業服務，為地方經濟建設和社會進步作出了積極貢獻。 　　

　　中國科大一貫堅持立足國內，面向世界，開展廣泛的國內外學術交流與合作。1978年以來，先後與30多個國家和地區的40多所大學和研究機構簽定了合作交流協議，常年有200多位外籍專家學者來校講學或合作研究。楊振寧、李政道、丁肇中、李遠哲、JenMarieLehl、Anton Zailinger等一批世界著名科學家被聘為名譽博士、名譽教授和客座教授，許多國內知名的專家學者和藝術家被聘為兼職教授。學校先後派出教師2500多人次赴20多個國家或地區訪問學習或進行合作研究，許多學成回國的教師在教學、科研、管理等工作崗位上擔當了重任。中國科大在隊伍建設上堅持培養與引進並重的方針，凝聚了一批甘願放棄優厚待遇、以到學校工作為榮的知名學者和教授。1997年全國新當選的58位中國科學院院士中，中國科大就佔了5位，居各大學和科研機構之首。中國科大始終堅持黨的基本路線和教育方針，積極探索具有中國特色的社會主義辦學道路，為國家高等教育的改革和發展做出了積極貢獻。“科教興國”戰略的實施，特別是國家創新體系建設和面向21世紀教育振興行動計劃的實施，給學校發展帶來了新的機遇。目前，中國科大正在黨的十五大精神指引下，高舉鄧小平理論偉大旗幟，遵照江澤民主席為中國科大建校40週年題詞“面向二十一世紀，建設一流大學，培育一流人才”的要求，進一步解放思想，改革創新，力爭在下世紀初，即到2018年建校60週年前後，把學校建設成為規模適度、質量優異、結構合理、特色鮮明的一流研究型大學，成為與中國科學院和其它專業研究院所及高科技企業相結合，面向全國培養具有創新能力和現代知識結構的一流人才，具有較強知識創新和技術創新能力的教育與科研基地。