第十一集
吳和尚家早有官軍看護。林文察制服官軍，闖進內室，終於手刃仇人。為打贏官司籌錢，吳姓家人將吳和尚家産判給吳亮。曾老先生則為林家寫好狀子，要拼出老命救出文察。何瑾派臬臺赴台灣會同府縣兩級準備對林文察案三堂會審。彰化縣衙師爺夜訪吳宅，為吳亮打贏官司出謀劃策。三堂會審開始了，一上來臬臺就指責曾老先生越衙告狀，要杖脊四十……
第十二集
官府袒護，林文察被判三日內押送福州，聽候處決。聞此判詞，曾老先生倒在堂上……為救文察，琴娘當街攔轎喊怨，最後自殺于臬臺面前。何瑾不得已只好把林文察關在台灣“不判也不放”。阿汕還了俗來到林家見到的是爺爺最後一面，關在獄裏的林文察早把自己的生命看得很淡，慧濟大師來告訴他：“抬起頭，向前看。”丈夫被害，兒子陷獄，戴氏領著小兒子將林家撐了起來。
七年後，江浙暴亂蜂起，左宗棠為籌軍糧派孔昭慈赴臺。臨行前左宗棠交給孔昭慈一封姚瑩寫給林定邦的信，告訴他：“拿著這封信籌糧就沒問題！”
第十三集
孔昭慈赴臺籌糧遇到莫勤的暗中阻撓，他從丁之建處打開缺口，並最終在為林文察平反怨獄的事情上參倒了莫勤，抓判了吳亮。林文察終於出獄了！孔昭慈徵到了軍糧，讓林文察幫他護送軍糧過海，苦苦撐持林家七年的戴氏再也不願兒子離家曆險，林文明也不願讓哥哥替官府出力，捅開了對林文察説：“什麼建功立業，不就是想出人頭地嗎……”“啪—”林文察一個耳光打在林文明的臉上。
第十四集
台灣也開始辦團勇了，已被何景收買的丁之建鼓動曾阿汕拉起一支隊伍。曾阿汕拿著林家的錢到福州找到大商人楊贄買回二百條槍。飯桌上，林文明滿心想看看槍是個啥樣子，可曾阿汕告訴他，槍已捐給官府了，二人激烈爭吵。曾阿汕要離開林家了，林文察把十甲田的田契塞到他的懷裏。曾阿汕用槍逼著米行老闆用高價買走了十甲田，並用這些錢辦起了自己的團練。林文明找到曾阿汕要槍，被曾阿汕叫人打傷。彰化碼頭，丁之建正組織人將糧食運往福建，被及時趕到的孔昭慈阻止，二人矛盾進一步激化。孔昭慈決定啟用林文察。
第十五集
孔昭慈説服了林文察幫他做事，但團勇仍掌握在曾阿汕和丁之建手裏。丁之建想讓曾阿汕將糧食偷運過海，孔昭慈再次阻止了他，二人終於決裂。林文察護送孔昭慈押糧過海，被左宗棠授予四品頂戴。林文察受命回臺練勇，丁之建和曾阿汕也不得不到碼頭違心相迎。對林家忠心耿耿的阿三對文察説：“曾阿汕那人反骨可寫在臉上。”林文察不以為然，仍然讓曾阿汕當了團練副辦，並開始招募自己的團勇。募勇的隊伍裏，一個後生問林文察：“草山堂吳姓的要麼？”
第十六集
河邊草地上，新募的團勇練成了。林文察開始為浙江籌運軍糧。福建官府和浙江官府的矛盾更加劇烈，他們用王命旗牌調林文察帶領臺勇到福建打仗，並讓林文察臺勇孤軍陷陣。左宗棠過問了，何瑾責問提督，提督只得讓羅總兵派臺勇進山去找林文察。
第十七集
臺勇孤陷敵陣，林文察告訴大家：“我們一定要打，打贏了再走。”何瑾再次督師進剿，眼看又是一場敗仗時，敵軍卻突然潰退。是林文察帶兵端了敵軍的老巢，立了大功。慶功宴上面對何瑾的拉攏，林文察冷冷地説：“我還是要為左大帥運軍糧。”幾年後，林文察已擢升為記名提督。為吸引敵軍，左宗棠將自己置於險地，而把最重要的一路交給林文察來守。恰在此時台灣也發生了大叛亂，亂匪聲言要在台灣建國，並指名要滅掉霧峰林家，情況萬分危急。左宗棠急調林文明率一千軍回臺救援。嚴旨之下，何瑾也只得派丁之建和曾阿汕領二千軍援救台灣。
第十八集
亂匪逼進，戴氏組織林姓墾民堅守禦敵。面對也被亂匪圍困的彰化縣城，孔昭慈將僅有的三千兵中派出兩千援救霧峰。曾阿汕以援軍太少為由不去彰化解圍，林文明只好獨自率軍救援彰化，被敵所阻。彰化城破，孔昭慈自殺。林文察率大軍登臺，亂匪潰退了，丁之建和曾阿汕為搶功從西門搶先進了彰化。彰化道臺衙門口，林文明與曾阿汕險些火拼，林文察趕來將二人一同罷官投入獄中。戴氏責問林文察為什麼這樣做，林文察卻説他自己也正要辭官。何瑾受朝廷之命親赴林家宣旨，請林文察出山，林文明大聲對林文察説：“這個旨不能接呀！”
第十九集
何瑾答應了林文察的三件事，林文察上任福建水陸提督。被擼得乾乾淨淨的曾阿汕給降了職的丁之建出主意：要幹就乾糧道，這就把林文察的命脈捏在手裏。林文察上任後大力整頓軍紀，曾阿汕暗中策劃將八鎮總兵貪墨軍餉的事捅給林文察，從而激化了八鎮總兵與林文察的矛盾。對林文察參奏八總兵的摺子，朝廷只是讓他率軍即刻進剿。
第二十集
得知林文察與福建官場矛盾惡化，左宗棠急派劉敖往見林文察，苦苦相勸。劉敖好不容易將八總兵和林文察叫到酒樓，林文察卻當著劉敖的面告訴八總兵：“我林文察絕不跟你們同流合污。”劉敖走後，林文察再查八總兵的帳，卻發現每一筆賬都已改過。看著熟悉的筆跡林文察明白了。在丁之建處林文察見到了曾阿汕。曾阿汕講出了一切，林文察卻沒有殺他，只讓他把一封信帶回去交給戴氏。漳州戰場上，對官場完全失望的林文察只帶八百人去打萬山關，漳州收復後，林文察戰死萬山關。
