第一集
    清朝光緒初年，嶺南慶州一帶瘟疫流行，一時間，赤地千里，白日鬼唱，死者不計其數，朝廷賑災的銀兩一撥再撥，災情卻毫不見起色。兩宮太后召集各位大臣商議對策。戶部大臣、太醫出身的吳一銘主動請纓，願為欽差，視察疫情，尋找良醫，平瘟賑災。嶺南知府孫子玉因有朝內神秘“主公”撐腰，勾結當地藥霸賀天章，貪污朝廷賑災銀兩，大發國難財。孫知府因被瘟疫所染，請神醫老吉救治。老吉開出天價，讓知府免費供藥，救治病人。孫知府為保命，只好忍痛割肉。俠女賴紅姑為了讓父親十八年前蒙受的冤屈大白于天下，隻身深入嶺南，途中，遇到一夥蒙面殺手與押鏢的鏢隊人馬廝殺，賴紅姑拔刀相助，但為時已晚，鏢首一字未吐，便氣絕身亡。賴紅姑打開所押物品，發現草藥下面，裝的竟全是珍奇珠寶，而所有的麻包上都寫有一個醒目的“吉”字，她不由得疑竇頓生。

　　第二集
    賴紅姑誤以為老吉與押解藥材的鏢車有關，把老吉捉入山洞，質問其事，老吉為了通知徒弟來救自己，開了一服藏頭藥方，藥方內容驢唇不對馬嘴，孔笙看得一頭霧水。吳欽差一路南下，越接近嶺南，攔路告狀的百姓越多，逃難病死者滿目皆是，吳欽差憂心漸重，決定微服私訪。吳欽差查訪到老吉處，看出了那張藥方的奧妙，帶人趕到山洞，解救了老吉。老吉與吳一銘一番長談，甚是投機。孫知府得知鏢車被劫氣急敗壞，恰恰趕上欽差大人駕到，一時弄得焦頭爛額。孫知府大擺排場，安排人馬恭迎欽差。不料，接到的只是欽差的隨從牛師爺。賀天章因開倉放藥吃了虧，找茬到老吉藥鋪索帳，刁蠻無理，撒潑耍賴，激怒了欽差吳一銘。

　　第三集
    吳一銘在府衙亮出真實身份，孫知府、賀天章、老吉都大吃一驚。吳一銘下令將賀天章責打三十大板，百姓拍手稱快。賴紅姑見很多窮人無錢看病，生命垂危，為拯救病中百姓，將鏢車中的部分珠寶在錢莊兌換成銀子。此事被報與孫知府，引起了孫知府的恐慌。他暗中派出殺手，去劫殺這一神秘女子，未果。於是，賀天章又為其出謀劃策，繼續製造了一起鏢車出動的假案，賴紅姑果真尾隨鏢車前行，被誘入圈套。殺手步步緊逼，賴紅姑奮力激戰，被箭擊傷，包圍圈越縮越小，眼看就要被生擒活捉，危急之時，賴紅姑騎上一匹快馬，殺開一條血路。採藥歸來的老吉邂逅被顛下馬來的賴紅姑。急將賴紅姑抱進草叢，躲過殺手的追趕。老吉將賴紅姑背入山洞，賴紅姑漸漸甦醒，吐露暗害她的人是賀天章。老吉找到吳欽差，希望他下令捉拿殺手賀天章，吳欽差和老吉再回山洞時，賴紅姑已蹤影全無。吳欽差和老吉在不斷的交往中，建立了莫逆之交，他聽取老吉的意見，治瘟大見起色，受到宮廷嘉獎。孫知府十分妒嫉。京城“主公”再次追問貢品遲遲不到的原因，孫知府既抓不到傳説中的神秘女子，又找不到那批丟失的珠寶，決定孤注一擲，他專門設宴，請吳欽差和老吉出席，暗地裏讓人在老吉帶的藥茶中下了毒，想借老吉之手殺掉吳欽差。

　　第四集
    吳欽差自赴宴之後，便稱病不起，孫知府以為吳欽差真的毒性發作，大喜過望。老吉得知吳欽差生病，特地前來探病，不料吃了閉門羹。賴紅姑繼續尋找殺父仇人，終於了解到，父親最終是被“陰陽奪命散”毒死的。賴紅姑找老吉了解“陰陽奪命散”的情況，老吉告之，這是一種十分罕見、毒性極強的劇毒藥，中毒者最明顯的症狀是七竅出血。孫知府得知吳欽差已掌握了他貪污賑銀的罪證，為保全性命不得已向吳欽差告發了主公，結果當晚便被人所害。孫知府的突然斃命，引起一場軒然大波，賀天章誣陷孫知府是被老吉所害。因為老吉是第一個看到孫知府死的人，老吉由此被被押入大牢。百姓聞訊，紛紛到欽差府前跪諫，要求釋放老吉，讓老吉繼續救災平疫。吳欽差體恤民意，允許老吉回到藥鋪戴罪立功，但條件是，不準離開藥鋪半步。賴紅姑設計救走了老吉，追問其“陰陽奪命散”和“濟世堂”之事，老吉如墜五里雲霧。

　　第五集
    孔笙為尋師傅，找到老吉和賴紅姑躲藏的破廟，尾隨其後的官兵也把破廟團團圍住。賴紅姑與官兵一場打鬥。老吉不會武功，急中生智，燒著了廟裏的蒲團，濃煙熏得官兵睜不開眼。乘亂之際，他領著賴紅姑和孔笙，從後山小路溜下了山。為緝拿老吉，所有的要塞關口都張貼著捉拿文告。賴紅姑讓老吉裝成病屍，用小車把老吉推到鄉下。老吉惦念飽受瘟疫折騰的鄉親，憂心忡忡。孔笙外出打探消息時，背回來一個奄奄一息的假小子。假小子醒來之後，滿口胡言亂語，可笑之極。老吉將其收為義女，取名木蝴蝶。一度平息的瘟疫再次捲土重來，吳欽差四處尋找老吉，始終沒有消息。賀天章想出一條詭計，打著老吉的旗號，到處賣假藥騙人，被害群眾將火發泄到到真老吉頭上，老吉終於浮出水面，一對冤家重新聚頭。