第一集
派出所民警丁捷和愛心醫院呼吸科醫生江簫的婚禮已多次推遲。在領導和同事們的多次催促下，他們終於放下工作，踏上了甜蜜的新婚旅程。誰知非典疫情突然爆發，出於強烈的責任感，他們毅然提前結束蜜月，立即返回了北京。
丁捷和江簫趕到各自的單位開始了新的工作。江簫被通知進入非典病區工作，這裡是一片緊張混亂的局面。已有不少醫護人員病倒塌了，本來就是業務骨幹的江簫責無旁貸地上了一線。
丁捷在上班路上遇見一個自稱非典患者的中年男子，要明目張膽地進行搶劫，圍觀群眾只能眼看著他搶了東西就跑。丁捷不顧危險上前抓住了搶劫者，並在圍觀群眾的幫助下，叫來了急救車和巡警將其送到了醫院。後經檢查，原來是一場虛驚。
丁捷所在的派出所也陷在與往日不同意義的繁忙之中，既要忙著內部防治還要下社區組織群眾防治。丁捷剛從醫院回來，又趕上轄區的居民圍在楊大風家，要求她趕緊把女兒送進醫院。原來楊大風的女兒發高燒已經三天了，鄰居都擔心孩子得的是非典，但楊大風堅持説女兒得的是感冒，誰要想把她女兒送醫院，她和誰拼命。在丁捷的耐心勸導下，楊大風背著女兒走出家門上了救護車。
丁捷的好友，民警蔡志成的姐姐蔡民疑似非典，住院隔離。參加隔離工作的丁捷不僅要安慰痛苦的蔡志成，又要安慰鼓勵蔡民獨自在家只有七歲的孩子。
各自忙得不可開交的一對新婚夫婦，只能在片刻休息的空擋利用手機短信互相聯絡。
就在他們忙得暈頭轉向之時，江簫的父親被人綁架了，並威脅説如果江簫報警，或者跟任何人説，就殺死她父親。江簫如五雷轟頂，不知如何是好。父親是江簫唯一的親人，一年前患老年癡呆症，家裏只有一個小保姆照顧著他。
第二集
綁架江蕭父親的人叫馬文，心胸狹隘而偏執的馬文認為是江簫的失誤，造成其父病故在江簫所在的醫院，並一直對江簫懷恨在心。馬文因意外接觸過非典病人，便認定自己必得非典無疑，也必死無疑，所以想出這樣一個惡毒計劃來報復江簫。
江簫忍著痛苦，繼續堅持戰鬥在最危險的地方，出於為對方著想的目的，她向丁捷隱瞞了這件事情。
丁捷在自己轄區的一個新住宅小區裏發現垃圾站前的垃圾已經堆得到處都是，臟亂得不堪入目。在社區居委會和治保積極分子霍大爺等人的幫助下，丁捷號召社區的居民開始了環境衛生清理工作。
由於買不到防護用品，轄區的居民們都不敢輕易出門，派出所裏的同事們也都每天在危險之中忙碌著。丁捷趕緊與江蕭聯絡，讓她找人幫忙解決這個棘手的問題。
江蕭在焦急中把父親被綁架的消息告訴了蔡至成。蔡志成馬上向何所長進行了彙報。在蔡志成的配合下，分局刑警隊開始了調查偵破工作。
江蕭在醫院裏一邊承擔著繁重的搶救工作，一邊在心裏裝著老父親和丈夫的安危，到了休息時間卻怎麼也無法入睡。
就在丁捷忙著落實口罩和消毒液的時候，轄區工地上的一幫民工鬧著要回老家躲避非典。丁捷趕去勸完了民工又給工頭做工作，終於阻止了一場大規模的混亂。
所裏的女民警李英在忙著所裏工作的同時，還在照顧一個獨自在家的小姑娘，又要給她做飯，又要在小姑娘家裏陪她過夜。考慮到所裏的人都在易感染人群的範圍內，丁捷把江蕭的朋友送給他的增強免疫力的緊缺藥品給了李英，以免李英在還不知道自己被感染病毒的情況下把孩子給傳染了。
醫院裏，有護士為了記錄這個非常時期的經歷，偷偷把微型攝像機帶進了隔離區。
江蕭受蔡志成的囑託，來到蔡志成姐姐的病房，想要告訴她孩子被她舅舅照顧得很好，卻發現蔡民竟然偷偷跑出了隔離病房。
第三集
正在協助刑警隊偵破綁架案的蔡志成得知姐姐從醫院跑出來的消息，知道姐姐是因為太擔心女兒才跑出來的。他趕到姐姐家樓下，看見居委會的人和丁捷正在安慰陽臺上被隔離的侄女。原來是侄女的心理承受能力也到了極限。蔡志成知道侄女這個時候心存嚴重的依賴心理，控制自己難受的心情，一直看著丁捷他們把侄女給勸安靜了。
轄區裏的居民黃輝看見很多人都從丁捷那裏領到了口罩，而自己卻沒有，心裏很不平衡，一見到丁捷就開始發泄不滿。丁捷怎麼解釋也無濟於事。
江蕭在醫院的院墻邊發現蔡民時，她已經病得很重了。經過搶救、化驗，確診了蔡民的確感染了非典。沒有多久，江蕭所在的醫院被指定為定點收治非典患者的醫院。院領導開始做戰前動員，江蕭和她的同事們所面臨的危險更加嚴峻，工作量也變得更大了。
在丁捷和社區居委會的反復動員下，居民和物業開始齊心協力整頓環境衛生，嚴格檢查出入小區的人員車輛，定期消毒、噴藥，張貼標語，群眾的防治工作進行的緊張而又有效。
第四集
丁捷來到了江蕭所在醫院的樓下，江蕭終於在露臺上看見了丈夫。由於距離遙遠，兩人只能通過手機相互傾訴思念和牽掛之苦。
刑警隊開展了大量的外圍工作，但綁架案還是沒有一絲進展。隊長肖和平和何所長商量決定把情況告訴江蕭所在醫院領導，以便能獲得更多的線索。
蔡志成找到江蕭説明了來意，江蕭痛苦地説她也不想讓父親一直下落不明、生死未卜。但是，前期感染的醫生還都掙紮在生死線上，支援的醫生還沒到位。院裏剛剛決定任命她為臨時科主任，那麼多病人眼巴巴在等著，同事在看著，她無法忍心説出家裏的事情，也根本不能在兩者之間做出選擇。
院長終於發現有護士偷偷在用微型攝像機記錄著隔離區的工作和生活。在緊急會議上，江蕭把大家心裏的話説了出來，院長沒有發脾氣批評大家，卻對奮戰在一線的醫生護士們給予了充分的肯定和鼓勵。
黃輝偶然發現丁捷給他的口罩是黑心棉做的，他一怒之下找到丁捷要個説法。丁捷帶著委屈找到江蕭的朋友杜飛，得知醫藥公司也是在不知情的情況下購進了這批防護用品。
刑警隊終於從給江蕭打來的電話號碼上發現了初步線索，案情似乎有了進展。
非典給社會帶來的恐慌開始加劇，城裏涌起了一股搶購狂潮。為了照顧好片區的鰥寡孤獨，所裏的幾個民警也加入了搶購的人群。何所長知道後對李英他們進行了嚴厲的批評。
第五集
江蕭所在的醫院成為定點收治非典的醫院後，以黃輝為首的一部分居民擔心醫院離小區太近，小區居民隨時有感染病毒的可能，於是就找到派出所要個説法。
江蕭在工作中發現自己已經有了身孕，欣喜之後更多的是感到不安。為了不讓單位的同事知道，她悄悄地採取措施，想要把越來越嚴重的妊娠反映隱藏起來。
護士小惠在替江蕭接聽電話時知道了江父被綁架的事情，堅持要向院領導報告。江蕭一再堅持，小惠只能聽從。
蔡志成在勸説一名非典病人時被咬傷，雖然傷勢不重，回到所裏卻不得不被迫隔離了。
