雖然台灣當局在開放民眾赴大陸探親的同時堅守“不接觸、不談判、不妥協”的所謂“三不政策”底線，並稱“只有中共徹底放棄馬列主義，認同三民主義後，兩岸官方才有接觸的可能”。然而，歷史的發展並不會以少數人的意志為轉移，“官民分離”只是台灣當局的一廂情願。隨著兩岸民間交流的日益增加，兩岸接觸勢所難免。自1986年香港“兩航談判”至今，兩岸一直斷斷續續地進行著各種形式事務性、功能性商談。
“兩航談判”
自1949年國民黨當局逃臺後，海峽兩岸真正意義上的第一次接觸談判是在1986年5月。這是一起因偶發事件引發的兩岸談判，台灣當局是在極不情願的情況下被拉上了談判桌。
1986年5月3日下午3時10分，一架編號“B-198”的台灣“中華航空公司”波音747貨機，在飛越原定降落的香港啟德機場後，突然偏離航線，朝北飛行，稍後降落在廣州白雲機場，機長王錫爵要求在祖國大陸定居，同行的另兩名機械師要求回臺，機上共有貨物22萬磅。事件發生當天，中國民航致電台灣“華航”，請其盡迅派人到北京商談有關飛機、貨物和機組其他成員的處理問題。
面對這一突發的事件，台灣當局立即陷入進退兩難的境地。按照“三不政策”，就不能與中共談判但不談判又解決不了問題。經過權衡利弊，為避免給外界造成國共兩黨在進行談判的印象，蔣經國最後決定在堅持“三不政策”的前提下，委託第三者“香港國泰航空公司”全權代表“華航”與中國民航協商解決人機交接事宜。蔣經國還指示“華航”依國際慣例解決善後工作。這一不合適宜、多此一舉的決定自然遭到祖國大陸的反對。祖國大陸方面認為，這純屬兩個航空公司之間的業務性商談，並不涉及政治問題。既然是交接，就應當由當事雙方直接地、負責地辦妥交接事宜，以確保飛機和願回台灣的另兩名機組人員安全返回台灣。中國民航再次致電“華航”，催其儘快作出答覆，並提出如果台灣方面認為到北京不方便的話，也可到他們認為方便的地方協商。
在經過兩個星期的交涉後，1986年5月17日至20日，“中華航空公司”和中國航空公司各派出三名代表，在香港進行了為期四天的歷史性商談，就交接貨機、機組人員和貨物事宜達成協定，簽署了“兩航會談紀要”。
這次商談是兩岸在隔絕37年後由官方在背後主導下的第一次公開接觸談判，它的成功舉行，打破了台灣當局長期營造的“恐共”心理，使台灣民眾認識到，共産黨並不像當局宣傳的那樣可怕，兩岸是可以通過談判解決問題的。同時這次談判成功也為兩岸解決糾紛創造了一種“華航模式”，其原則是：地位平等、友好協商；就事論事，合情合理；互相尊重、彼此諒解；多從對方考量，不作題外文章。“兩航談判”的成功在海內外引起巨大反響，美國輿論稱之為國共兩黨的“首次正式接觸”、“首次直接會談”，日本《東京新聞》發表評論長此次事件是海峽兩岸關係“一舉向前發展的劃時代事件”。香港報紙則稱：“兩航談判就其影響而言，顯然具有高度的政治含義，説它是歷史性的重大事件決不為過”，“它標誌著國共兩黨及兩岸關係的一個新起點”。
“金門談判”
80年代後期，由於台灣當局拒絕兩岸“三通”，奉行單向的開放政策，限制大陸民眾與台灣的正常交往，在沿海地區出現了大陸居民私渡去臺的現象。台灣軍警對大陸私渡入臺人員採取不人道的強制“並船遣返”的做法，致使台灣海峽連續發生數起大陸同胞在遣返過程中遭受人身傷亡的事件。1990年7、8月間，發生了因“並船遣返”導致25人被集體釘在船倉內窒息死亡，以及21人因遣返船被臺軍艦撞擊落水身亡等兩起慘劇，台灣軍警的殘暴行徑遭到兩岸人民的一致譴責。
1990年8月，為避免再次出現死傷悲劇，切實解決私渡人員的遣返問題，中國紅十字總會向台灣紅十字組織建議，雙方簽定遣返作業協議，將私渡人員遣返納入規範程序，使遣返作業在兩岸紅十字會組織的見證下進行。背受強大輿論壓力的台灣當局，對於中國紅十字總會的建議很快作出了積極的回應。考慮到簽署協議需要實地考察遣返路線，同時也為了照顧台灣方面希望保密的要求，雙方決定協商地點定在當時尚未解除“戒嚴”、仍是國民黨“戰地”的金門島。
1990年9月11日上午，中國紅十字總會秘書長韓長林等4人乘坐一艘懸挂白底紅十字旗的鐵殼船，從廈門東渡碼頭出發，徑直朝金門方向航行。在下榻的“仁愛新莊”，韓長林等與台灣紅十字組織秘書長陳長文等就兩岸紅十字組織參與見證主管部門執行海上遣返事宜進行了協商，並於12日簽署了協議。雙方本著切實解決問題、回避目前尚難以解決的兩岸政治分歧的務實精神，就見證遣返的原則、對象和遣返程序等方面作了明確的規定。
“金門協議”雖然是以兩岸紅十字組織的名義簽署的協議，但卻得到兩岸官方的認可和授權。1990年10月8日，雙方根據“金門協議”第一次順利進行了海上遣返工作，首批55名私自渡海去臺的大陸居民從馬祖回到了福州馬尾港。此後，共有120多批近2萬名違反有關規定進入對方地區的兩岸居民和刑事嫌疑犯、刑事犯循“金門協議”的模式完成遣返。
“金門協議”的簽署，不僅保證了兩岸遣返作業的順利進行和兩岸同胞的生命安全，也為其後兩岸的授權民間機構的商談打下了良好的基礎。
隨著兩岸經貿交流的迅速發展，人員往來以及各項交流活動的不斷擴大，逐漸衍生出了一些有關兩岸人民權益的棘手問題，有感於有共同解決事務性、功能性問題的迫切需要，兩岸于1993年4月舉行了的“汪辜會談”，並簽訂了四項協議，邁出了兩岸關繫上具有歷史意義的重要一步。
兩會相繼成立
鋻於僵化的“三不政策”，台灣當局無法與祖國大陸進行正式的接觸與談判。1990年11月21日，為應付兩岸關係發展的需要以及推行有限的大陸政策，台灣當局成立了“財團法人海峽交流基金會”(簡稱海基會)，並於1991年3月9日正式掛牌工作。這是以民間團體身份出現的半官方機構，直屬於“行政院大陸委員會”，任務是接受“陸委會”的委託，辦理台灣當局“不便與不能出面的兩岸事務”，人稱“陸委會”手套。海基會的首任董事長為國民黨中常委、臺水泥業巨富辜振甫，副董事長兼秘書長為陳長文、副秘書長為陳榮傑。
海基會成立時的定位是“協調處理台灣地區與大陸地區人民往來有關事務，以保障兩地人民權益為宗旨，不以營利為目的”。該會的主要工作有如下7項業務：(1)兩岸人民入出境收件、核轉及有關證件簽發補發。(2)大陸地區文書驗證、身份關係證明、協助訴訟文書送達及兩地人犯遣返。(3)大陸地區經貿資訊的收集發佈，間接貿易、投資及其爭議的協調處理。(4)兩岸人民有關文化交流事宜。(5)協助保障台灣地區人民在祖國大陸地區停留期間的合法權益。(6)兩岸人民往來有關諮詢服務。(7)“政府”委託辦理的其他事項。
該會成立後立即承擔先前由紅十字會負責的有關兩岸事務性的接觸和交往的職能，並派遣該會人士訪問祖國大陸各相關部門，建立溝通管道。
1991年12月16日，大陸社會團體法人性質的民間團體“海峽兩岸關係協會”(簡稱海協會)在北京成立，它以促進海峽兩岸交往，發展兩岸關係，實現祖國和平統一為宗旨。汪道涵被選舉為海協會首任會長，唐樹備為常務副會長，秘書長為鄒哲開。海協會成立後的工作重點主要有4項：一、逐步建立和發展與台灣島內外民間團體、人士的聯絡與相互合作，發揮民間力量，共同促進兩岸的直接“三通”和雙向交流。根據國臺辦的授權，協會將負責與台灣海峽交流基金會有關團體進行聯絡，處理相關問題。二、就合作打擊台灣海峽海上走私、搶劫等問題與台灣授權團體海基會具體商談。三、協會如受到委託，也將協同有關方面與台灣授權團體或人士就處理台灣海峽海上漁事糾紛和違反有關規定進入對方地區之居民及相關問題進行商談。四、協會將積極為台灣島內外各團體、各界人士提供有關祖國大陸投資、貿易和其他交流活動的政策、法規等諮詢和服務。同時也積極向祖國大陸有關方面和地方提供對臺文化、學術、體育、科技交流等諮詢。
兩會成立後，充分發揮了溝通化解的橋梁作用。一年內，合作處理了各類突發事件24起，包括漁事糾紛6起、臺軍驅逐大陸漁民傷亡事件10起，刑事案件8起，建立起了相當良好的協調關係。從1992年3月到1995年6月，兩會進行了包括第一次“汪辜會談”在內的各種層級的總共17次商談。
“九二共識”確立
兩會就兩岸交流中出現的問題進行接觸與商談後發現，雖然雙方商談的是事務性問題，但要順利地解決問題，一個重要的事實必須首先明確：兩岸間的事務性問題是一個國家內的事情。這就涉及一個中國原則的問題。
1991年4月8日，陳長文首次訪問大陸時，國務院台灣事務辦公室副主任唐樹備授權提出了處理海峽兩岸交往中所遇到的具體問題應遵循的五條原則，其中第二條就是“在處理兩岸交往事務中，應堅持一個中國原則，反對任何形式的‘兩個中國’、‘一中一台’也反對‘一國兩府以及其他類似的主張和行為”。1992年3月22日，兩會在北京就“海峽兩岸公證文書使用”和“海峽兩岸開辦掛號函件的查詢、補償”兩項議題進行了首次事務性商談，雙方出現若干分歧，並沒有達成協定，而分歧的癥結就是一個中國原則的問題。大陸方面堅持一個中國原則，堅持兩會商談的事務性問題為一個國家內部的事情。台灣方面雖然表示堅持一個中國政策，但為謀求所謂“對等政治實體的”地位，強調雙方在一個中國涵義上的分歧，提出用“各説各話”的方式説明一個中國的涵義，
3月30日，唐樹備在記者會上指出，“由於現在兩岸沒有統一，所以首先應明確我們商談的或要解決的是一個國家內的事情。眾所週知，國共兩黨都認為只有‘一個中國’，台灣方面通過的有關統一的文件也承認只有‘一個中國’。‘一個中國’既然是雙方的共識，為何雙方不能本著這個原則來處理兩岸事務性問題呢。兩岸沒有統一，但我們是一個國家，這個原則是堅定不移的，至於用什麼形式來表達這麼一個原則，我們願意討論。”
8月1日，臺“國家統一委員會”通過所謂“關於一個中國”的涵義的政策文件，該文件有關一個中國涵義的敘述是：“海峽兩岸均堅持一個中國之原則，但雙方所賦予之涵義有所不同，中共當局認為一個中國即為中華人民共和國，將來統一後，台灣將成為其管轄下的一個特別行政區。我方則認為一個中國應指1912年成立迄今之中華民國，其主權及于整個中國，但目前之治權，則僅及于臺澎金馬。台灣固為中國之一部分，但大陸亦為中國之一部分。”海協會負責人隨即對“國統會”的決議文作出回應指出“它表明在兩岸事務性商談中應堅持一個中國原則已成為海峽兩岸的共識，對海峽兩岸事務性商談具有十分重要的意義，當然我們不同意台灣有關方面對一個中國涵義的理解”。該負責人也重申，“在事務性商談中，只要表明堅持一個中國原則的基本態度，可以不討論一個中國的涵義”。
1992年10月28—30日，兩會在香港舉行商談，集中討論兩岸事務性商談中如何表述堅持一個中國原則的問題。在商談中，海協會提出了5種文字表述，海基會先後提出5種文字表述方案和3種口頭表述方案，其中最後一種口頭表述方案的內容為：“在海峽兩岸共同努力謀求國家統一的過程中，雙方雖均堅持一個中國的原則，但對於一個中國的涵義，認知各有不同……”。雙方表述文字都包含堅持一個中國原則的內容，但因文字表述有歧義，以致會談結束後兩會仍沒有達成協定。
11月3日，海基會正式致函海協會，建議“以口頭聲明方式錶述一個中國原則。”海協會16日正式回函通知海基會，海協會的口頭表述要點是：“海峽兩岸都堅持一個中國的原則，努力謀求國家的統一。但在海峽兩岸事務性商談中，不涉及‘一個中國’的政治涵義。”該函還附上海基會增列的第3項口頭表述文字。12月3日，海基會函覆海協會，對達成共識未表示異議。從以上兩會來往的信函中可以看出，雙方的共識是“海峽兩岸均堅持一個中國原則，努力謀求國家的統一。”(簡稱“九二共識”)
“海峽兩岸均堅持一個中國原則”的“九二共識”確立後，從原則上排除了事務商談中的主要障礙，使雙方很快就“海峽兩岸公證書使用”和“海峽兩岸掛號凼件遺失查詢及補償”問題達成協定，併為1993年的第一次“汪辜會談”鋪平了道路。
第一次“汪辜會談”
1993年4月27日至30日，在“九二共識”的基礎上，在祖國大陸一年多來的積極推動下，海協會會長汪道涵與海基會董事長辜振甫，在新加坡正式舉行第一次“汪辜會談”。這是海峽兩岸高層人士在長期隔絕之後的首度正式接觸，是兩岸走向和解的歷史性突破，是兩岸關係發展的“重要里程碑”。在兩天的會談中，雙方就兩會會務、兩岸經濟交流、科技文化交流等三項議題進行了廣泛討論。會談達成了四項協議，包括《汪辜會談共同協議》、《兩會聯絡與會談制度協議》、《兩岸公證書使用查證協議》和《兩岸掛號函件查詢、補償事宜協議》。
“汪辜會談”對發展兩岸關係、擴大兩岸經貿、科技合作和人員往來、各項交流産生了積極的作用。一是為兩岸的良性互動奠定了良好的基礎，也為兩岸今後協調和處理有關事務“樹立了一個可資依循的模式”，它表明兩岸完全可以在政治原則、立場、目標取向差異甚大的情況下，通過坦誠、務實的接觸與協商，本著“求同存異、平等協商”的原則坐下來談，找到雙方的共同利益，增進互信。二是會談的具體成果直接推動了兩岸經貿、文化交流的進一步發展。當年臺對大陸轉口貿易額從1992年的74億美元躍升到170億美元的新紀錄；台灣躍居大陸吸收外部投資的第二位；間接投資金額較上年增約一倍，且台灣大企業大財團開始成為投資大陸的主要角色。兩岸文化、科技方面的交往則呈現“層次高、範圍規模擴大、內容深化、方式多樣化”的新特點。
“汪辜會談”獲得成功，得到兩岸同胞的高度評價。中共中央總書記江澤民指出：“汪辜會談是成功的，是有成果的，它標誌著海峽兩岸關係發展邁出了歷史性的重要一步。”
大陸積極推動第二次“汪辜會談”
第一次“汪辜會談”是兩岸高層人士的首度正式接觸，實現了兩岸關係發展進程中的階段性突破，標誌著海峽兩岸關係發展邁出了歷史性的重要一步。然而事與願違，台灣當局同意舉行“汪辜會談”的本意，並非是要促使兩岸關係朝統一方向健康發展，而是想借機凸顯所謂的“對等政治實體”地位，並試圖以發展兩岸關係為“籌碼”，換取祖國大陸承認台灣為“對等政治實體”。“汪辜會談”結束後，台灣當局再次聲稱“兩岸關係仍處於敵對狀態”，並稱“汪辜會談”絕非表示兩岸邁向統一的進程有所加快。
“汪辜會談”後不久，台灣當局即于當年6月公開推動所謂“參與聯合國”的活動，李登輝公開聲稱，他“從未講過一個中國”。1994年4月，他在與日本作家司馬遼太郎的對談時更妄稱，“中國一詞是含糊不清的”，台灣是中華人民共和國一個省是“奇怪的夢”，“國民黨是外來政權”。在國際上，臺當局更是不計手段、不計名義、不計代價地大搞“金錢外交”，李曾先後跑到不少國家公然製造“兩個中國”和“一中一台”的分裂活動。
在兩會事務性商談方面，根據《汪辜會談共同協議》精神，從1993年8月起，兩會就“違反有關規定進入對方地區人員遣返及相關問題”、“兩岸劫機犯遣返問題”及“協商處理兩岸海上漁事糾紛問題”等三項議題展開了後續事務性商談。至1994年底，兩會在北京、台北、南京等地共舉行了7次事務性商談及2次“唐焦會談”。雖然在祖國大陸的努力下，會談在一些問題上取得了一定進展，但由於臺當局企圖通過商談達到兩岸“分裂分治”的政治目的，提出“司法管轄權”等敏感問題，製造政治分歧干擾事務性問題的解決，致使兩會最終未能簽署任何協議。
儘管台灣當局的舉動給落實“汪辜會談”的決議蒙上了陰影，但祖國大陸仍積極推動第二次“汪辜會談“，海協會與海基會幾經商談後，最後確定於1995年7月20日在北京舉行。然而，就在此時，1995年6月7日，李登輝赴美出席康奈爾大學校友會，在國際上大搞“兩個中國”、“一中一台”的分裂活動，嚴重破壞了兩岸商談的氣氛，使兩岸關係劍拔弩張，跌至冰點。面對這一嚴重政治挑釁，祖國大陸採取果斷措施，開展了聲勢浩大的“反分裂”、“反台獨”鬥爭，而且舉行了旨在針對“台獨勢力”的軍事演習。兩岸關係空前緊張和對立，兩會事務性商談，以及正待成行的第二次“汪辜會談”，均告中斷。
1997年後，在“反分裂、反台獨”鬥爭取得重大成果，香港順利回歸祖國，以及國際形勢、兩岸關係形勢出現新變化的情況下，祖國大陸方面採取主動，繼續推動第二次“汪辜會談”。
1997年9月12日，江澤民總書記在“十五大政治報告”中重申兩岸及早開啟政治談判的建議，鄭重重申其于1995年1月30日提出的《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮鬥》的八項主張”(簡稱“江八點”)，強烈呼籲“希望台灣當局認真回應我們的建議和主張，及早同我們進行政治談判，在一個中國的前提下，什麼問題都可以談，只要是有利於統一的意見和建議，都可以提出來。
1997年11月6日，為了給兩岸政治性談判的預備性磋商創造條件，海協會致函海基會，邀請海基會秘書長焦仁和出席定於12月在廈門舉行的“跨世紀兩岸經濟關係展望研討會”，並在廈門、上海和北京等地參訪，但海基會卻于7日拒絕了邀請，反提出由辜振甫率團訪問大陸的建議。11月11日，海協會發佈新聞稿，表示歡迎辜振甫在適當的時機訪問大陸。
1998年1月1日，江澤民在新年祝詞和全國政協新年茶會上宣佈，“今年中國統一工作的重點是與台灣舉行政治磋商，希望台灣當局以民族大義為重，儘早回應我們提出的在一個中國原則下兩岸進行談判的鄭重呼籲”。1月26日，錢其琛副總理在紀念江澤民總書記八項主張發表三週年座談會上明確表示，促進兩岸政治談判是現階段全面推進兩岸關係的關鍵。在統一之前，在處理兩岸關係事務中，特別是在兩岸談判中，堅持一個中國原則，就是堅持世界上只有一個中國，台灣是中國的一部分，中國的主權和領土完整不可分割。
2月14日，海協會致涵海基會，表示願意與海基會協商兩岸政治談判的程序性事宜，並隨之安排重啟經濟性事務性議題商談，同時邀請辜振甫在適當時機來訪，兩岸適當層級的人員可在交流互訪中為此做必要的準備。
這些充滿誠意和善意的建議受到了兩岸同胞和國際社會的廣泛支持，島內輿論幾乎眾口一詞地要求當局作出積極而正面的回應。但台灣當局卻對祖國大陸推動兩岸政治談判所做的一系列努力採取了消極的回避態度，聲稱“如果不承認中華民國是個主權獨立國家的現實，根本沒有辦法談”，“目前看不出兩岸有何政治議題好談”。並在如何談、談什麼問題上大作文章，聲稱兩岸談判“哪中斷哪開始”、“先從事務性商談做起、慢慢來”、“兩岸商談要不預設任何前提條件”，“政治談判危險”等等，意圖拖延兩岸政治談判。
與此同時，祖國大陸開展的“反台獨”、“反分裂”鬥爭使國際社會尤其是美國越來越認識到台灣是破壞亞太和平發展的“麻煩製造者”，如果放任台灣當局的分裂政策，將最終導致戰爭，從而危及世界和平與美國的全球戰略和整體利益。因此，美國開始調整、改善對華關係，並敦促兩岸儘快進行和平談判。1997年10月26日至11月3日，應美國總統克林頓的邀請，江澤民主席成功在對美國進行了國事訪問，雙方達成了建立“建設性戰略夥伴關係”的共識。1998年6月25日，應江澤民主席的邀請，美國總統克林頓訪問中國。在中美首腦互訪中，克林頓總統重申美國堅持一個中國的政策，恪守中美三個聯合公報確立的原則。克林頓和美國其他領導人並明確表示美國政府“不支持‘兩個中國、一中一台’，不支持‘台灣獨立’，‘不支持台灣加入聯合國以及其它必須由主權國家才能參加的國際組織’”，按照“八一七公報”的原則處理售臺武器問題。美國公開承諾對臺“三不”支持，在島內引發強烈震撼，使台灣當局面臨越來越大的談判壓力。
在祖國大陸、島內民眾以及美國的促談壓力下，台灣當局為了逃脫破壞兩岸關係發展的責任，最終不得同意辜振甫參訪大陸。
第二次“汪辜會談”
1998年10月14日，受海協會邀請的海基會董事長辜振甫先生赴上海、北京的“參訪”活動終於成行。辜先生是近五十年來第一位踏足祖國大陸的由台灣當局正式授權的代表，祖國大陸對此次參訪十分重視，並給予很高的禮遇，江澤民總書記、錢其琛副總理分別會見辜先生一行，這是海峽兩岸自1949年以來最高級別的公開接觸。
10月15日，辜振甫與海協會長汪道涵會面，這是兩岸兩會自1995年6月中斷商談以來的首次高層對話，是汪道涵先生和辜振甫先生1993年新加坡會談之後的第二次握手。雙方在會談中達成了四項共識：
一、兩會決定進行包括政治、經濟等各方面的對話，由兩會負責人具體協商作出安排。
二、進一步加強兩會間的交流，包括兩會負責人等多層次的互訪。
三、涉及兩岸同胞生命財産安全的事件，兩會將加強個案協助，相互委託。
四、辜振甫先生邀請汪道涵會長訪問台灣。汪道涵對此表示感謝，願意在適當的時候到台灣訪問，加深了解。
汪辜會談所達成的四點共識，有助於改善兩岸關係和兩會交流的氣氛，加深雙方的了解，化解分歧，增進互信，從而為今後兩岸兩會的進一步交流直至政治談判的程序性商談的舉行創造了積極的條件。但是，由於台灣當局刻意回避一個中國原則，不願意展開政治談判並進行預備性磋商，只是含糊表示展開議題廣泛的對話，使四項共識缺乏實質性的內容，雙方根本分歧如故。
辜振甫“參訪”大陸後，祖國大陸方面繼續推動兩岸關係的良性發展。1999年6月27至29日，兩會在北京商談，就落實四項共識交換了意見，並就汪道涵9月中旬或10月初訪台達成初步共識。可是，李登輝竟在l0天后，7月9日接受“德國之聲”專訪時公然拋出“兩國論”，使一度緩和的兩岸關係又一次跌入低谷。面對李登輝之流猖狂的“台獨”活動，海峽兩岸和全世界的炎黃子孫同仇敵愾，一致聲討，國際社會也紛紛譴責李登輝的“台獨”行徑。15日，國臺辦主任陳雲林指出，由於李登輝“兩國論”的倒行逆施，使兩會在一個中國原則下接觸、交流、對話的基礎不復存在。20日，海協會鋻於海基會當天的來函及所附的“辜振甫談話稿”嚴重違背了兩會1992年達成的“海峽兩岸均堅持一個中國原則”的共識，對該函不予接收並正式退回，兩會聯絡遂告中斷，汪道涵訪台之行亦告擱淺。
責編：王京