1.農藥污染
　　以色列對95%左右的農作物實施化學控制，每公頃灌溉地限制使用農藥40公斤左右；且農藥使用受到農業部、衛生部和環境部的共同監督，並由農業部植物保護和檢疫局負責農藥註冊及管理事務。為防止農藥對水源的污染，已通過立法禁止在水源附近空撒任何生物和化學物質，禁止以任何方式在不源中洗刷盛放農藥的器械。

2.農産品殘毒
　　衛生部糧食組織對銷往國內市場的農産品負責農藥殘毒檢測。由環境部負責在産地對準備銷往國內市場的蔬菜和水果抽樣進行農藥殘毒檢測；由衛生部對送檢樣品進行實驗室檢測。檢測的農産品主要有草莓、萵苣、胡蘿蔔、薄荷、菠菜、香菜、蒜、洋蔥、菠菜等。如發現某種農藥殘毒超標，則視不同情況採取警告、通報批評、沒收或銷毀産品等處罰措施。

3.肥料污染
　　以色列的農業生産主要依靠灌溉和施用化肥來提高作物産量。目前，肥料污染已引起人們的充分重視，農業管理部門主要採取教育農民減少肥料用量，採用先進的滴灌技術和使用長效肥料等措施以確保肥料中的硝酸鹽最低限度地排入到土壤中和最大限度地被作物吸收利用，以減少和避免肥料的污染。

4.農業廢物
　　農業廢物主要包括作物秸稈、畜禽糞尿、動物屍體及庭院廢物。以色列每年生産的農業廢物僅畜禽排泄物和動物屍體就有10萬噸左右。這些廢物會污染地下水、空氣、土壤和傳播疾病，但仍有很高的經濟價值，進行合理的處理利用能變廢為寶。目前，以色列對農業廢物的處理方法是分散收集，集中處理，經發酵後作有機肥料使用。

5.耕作方法
　　隨著持續農業、生態農業和害蟲綜合防治等先進的耕作管理方法的推廣應用，農業活動對環境的危害正在逐漸減小。例如採用緩效肥料，對土壤和水源的檢測及對害蟲的生物防治等都是成功的例子。

　　目前，以色列政府正在加強宣傳，以提高農戶的生態意識，減少農業生産對環境的污染和危害。