 1996年，美國聯邦調查局在調查所謂“中國可能自美洛斯 阿拉莫斯國家實驗室竊取核武器設計機密”時，將懷疑目標鎖定華裔科學家李文和。
1999年3月，美國能源部部長理查森以觸犯安全條例為由，下令解雇李文和。4月，中國外交部發言人駁斥“核間諜案”，稱其純屬無稽之談。5月，美國聯邦眾議員考克斯等人發表了臭名昭著的《考克斯報告》，李文和再次成為這些反華政客污衊和攻擊中國的犧牲品。
8月,美國洛斯 阿拉莫斯國家實驗室前反諜報活動部主管費魯曼在接受採訪時承認，調查人員缺乏李文和洩露核機密的證據。9月10日，洛斯 阿拉莫斯國家實驗室發表聲明，對該實驗室3名負責人進行紀律處分（包括凍結薪金、發申訴信等），因為他們錯誤地指責李文和從事間諜活動，並對此進行無謂的調查。3名受處分者分別為實驗室前反諜報活動部主管費魯曼、組長克雷格和實驗室前負責人赫克。
11月，李文和再次申辯自己清白。美國政府決定不尋求以間諜罪起訴李文和，因為沒有證據表明他有意傳遞核機密，但12月11日，美國司法部以“非法獲取重要機密”等59項罪名對李文和進行起訴逮捕。12月20日，美國司法部長雷諾表示，沒有足夠證據證明李文和從事間諜活動。21日，李文和反戈一擊，以嚴重侵犯其隱私權導致他被視為間諜為由將美國政府推上法庭。
2000年3月19日，李文和之女李純宜宣佈成立法律辯護基金會，為其父籌募司法經費，誓用法律討回公道。4月，支持李文和的美東行動委員會在紐約組織示威行動，抗議逮捕李文和。5月，洛斯 阿拉莫斯國家實驗室前反諜報主任費魯曼指出，李文和案與總統大選、黨派政治有關。6月8日，美國12個城市舉行示威行動，抗議美國政府逮捕李文和。
7月5日，美國司法部承認李文和下載材料目的是找工作，與間諜活動無關。7月19日，法官再次拒絕李文和保釋申請。8月22日，美國司法部公開承認李文和下載的有關材料並非機密，但同時拒絕李文和一方希望減少對李文和指控罪名的請求。8月24日，聯邦法官帕克突然裁定同意李文和交保獲釋。但李文和事件已給中美關係造成了惡劣影響。
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