保護生態環境與發展經濟之間似乎是一對矛盾：保護生態，發展就會受到影響；注重發展，生態又可能遭到破壞。而西部大開發最具深謀遠慮的一個思路是：把再造秀美山川和快速發展經濟統一起來，把生態環境保護與建設擺到了非常突出的位置。
西部大開發三年來，生態環境保護和建設顯著加強。退耕還林工程經過兩年多的試點，成效顯著。儘管如此，西部生態環境還是比較脆弱，保護和建設的任務依舊任重道遠。西部各省區市在制定社會經濟發展規劃時，對於如何加強生態環境的保護與建設，走可持續的發展道路，都給予了高度的重視。
中共寧夏回族自治區黨委常委、自治區副主席陳進玉認為，寧夏由於自然條件較差，水資源緊缺，人口增長過快，經濟發展水平還比較低。實現寧夏可持續發展的根本出路，在於認真組織實施西部大開發戰略，把生態、生育、生産一起抓，進一步控制人口、恢復生態、發展經濟，使人口、資源、環境三者互相促進、協調發展。
青海省副省長穆東升也強調，青海要堅持人口、資源、環境可持續發展的方針,進一步調整林業建設佈局，以三江源區生態治理為重點，組織實施好“三北”防護林建設四期工程、天然林資源保護工程、西寧市南北山綠化二期工程、防治荒漠化治理工程以及野生動植物多樣性保護、環湖草地治理等重點項目，加快小流域治理進程，搞好水土保持。
四川要建成長江上遊的生態屏障，副省長陳文光提出，有四個方面的工作必須抓好： 一是要繼續加大天然林保護力度，加快退耕還林步伐，搞好野生動植物保護；二是要進一步完善相關政策，推廣符合各地實際的治理模式和經營機制；三是要進一步加大生態工程監理力度，對工程實施全方位、全過程的有效監控；四是要引入非公有制機制，加快後續産業開發，進一步鞏固生態建設的成果。
新疆地處歐亞大陸腹地，是典型的內陸乾旱荒漠性氣候，植被稀少，生態脆弱，自然災害頻繁。中共新疆維吾爾自治區黨委副書記艾斯海﹒提克裏木拜強調，新疆推進生態環境保護建設將重點實施六大工程：一是要抓好塔裏木河干流中下游治理；二是要全面開展塔裏木盆地南緣和準噶爾盆地南緣沙漠化治理；三是要積極進行艾比湖區域的生態保護和整治；四是要做好天然林保護工程，停止對山區天然林的採伐；五是要實施退耕還林還草工程，改善綠洲生態環境；六是要實施烏魯木齊以大氣污染防治和水污染防治為重點的城市環境綜合治理，大幅度提高城市綠化覆蓋率。
在大力推進西部大開發和新一輪扶貧攻堅工作的關鍵之年，湘西土家族苗族自治州全面啟動了生態州建設戰略。州黨委副書記王承榮指出，生態州建設既包括生態林業、生態經濟、生態文化等方面的建設，又包括環境污染治理和水源、礦産、耕地濕地等各種自然資源的保護。實施生態州建設戰略是實現全州經濟社會可持續發展的必然選擇。
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