1936年任中央軍事委員會主席，擔任這一職務直至逝世。為了迎接抗日戰爭，提高幹部水平，克服教條主義，1937年寫了《實踐論》、《矛盾論》哲學著作，豐富和發展了馬克思主義的認識論和辯證法。

　　指導開展敵後遊擊戰爭，建立抗日根據地1937年7月，抗日戰爭全面爆發後，毛澤東領導人民開展敵後遊擊戰爭，建立抗日根據地。寫了《抗日遊擊戰爭的戰略問題》、《論持久戰》等著作，批判了亡國論、速勝論的錯誤思想，指明了爭取抗日戰爭勝利的途徑。1938年11月，為了克服王明的右傾投降主義的錯誤，在中共六屆六中全會上發表《統一戰線中的獨立自主問題》的講話。

　　1942年號召全黨開展整風運動，使中共在思想上、政治上、組織上達到高度的統一，為戰勝困難和取得抗日戰爭的勝利奠定了基礎。1943年3月，當選為中共中央政治局主席、中央書記處主席，以後在歷屆中央委員會都連續當選為主席直到逝世。抗日戰爭時期，先後發表了《中國革命和中國共産黨》、《新民主主義論》、《論聯合政府》等重要著作，闡明了中國新民主主義革命的理論、政策和政治、經濟、文化綱領，標誌著毛澤東思想的成熟。

　　領導人民解放戰爭抗日勝利後，毛澤東針對蔣介石企圖消滅共産黨及其武裝力量的現實，提出“針鋒相對”的鬥爭方針。1945年8月，毛澤東親赴重慶與蔣介石談判，簽訂《雙十協定》。1946年夏，蔣介石發動全面內戰。毛澤東分析了雙方力量對比，提出了戰略上藐視敵人，戰術上重視敵人和打敗蔣介石的政治方針與軍事原則，在粉碎蔣介石全面進攻、重點進攻後立即轉入戰略反攻。1948年9月～1949年1月，指揮遼沈戰役、淮海戰役、平津戰役三大戰役，取得了戰略決戰的勝利。接著，號召“將革命進行到底”，發動渡江戰役，命令中國人民解放軍進軍大西南、大西北，推翻了國民黨政府。1949年3月，主持召開中共七屆二中全會，並作重要報告，決定把黨的工作重心從農村轉向城市，規定了黨在全中國勝利以後的各項基本政策。同年6月，發表《論人民民主專政》，闡明中華人民共和國政權的性質及其內外政策。9月，主持召開中國人民政治協商會議第一屆全體會議，制定並通過了《中國人民政治協商會議共同綱領》，選舉産生了中央人民政府，當選為主席。10月1日，在北京天安門向全世界莊嚴宣告中華人民共和國成立。