五、江南樞要——清代江寧府和太平天國天京

　　清兵初下江南，用高壓政策強迫漢人歸順，致使各地起義烽煙不斷。公元1659年夏，南明大將鄭成功與張煌言合軍，水陸大軍17萬，由海入江，志在收復南京。鄭成功打到江寧（清改明應天府為江寧府）城下，哭祭明孝陵，卻中了清朝兩江總督郎廷佐詐降奸計，大敗于白土山，不得不退兵廈門，後來轉而收復台灣。

　　康熙與乾隆祖孫兩代清帝，都曾六次巡幸江南。康熙五次祭祀明孝陵，對朱元璋行三跪九叩大禮，又四次校場閱兵；乾隆照樣祭陵、閱兵，還遍遊“金陵四十八景”，題字上百處。清廷籠絡與炫耀武力兼施，江南局勢終於穩定。南京成為統轄江南（包括今江蘇、安徽）和江西的兩江總督駐地。總督署設在漢府街（即今長江路292號，太平天國改建為天朝宮殿，通稱天王府；民國時期為國民政府所在地）。督署東、西兩座轅門，分別題額“三省鈞衡”和“兩江保障”，表明清廷倚為江南樞要，控制東南半壁。

　　清前期，江寧絲織進入鼎盛時期，織機3萬多臺、織工超過5萬，城南秦淮河兩岸，為機戶集中之地；絲織業的繁榮，帶動了相關20多個行業。在此情況下，清廷專設了江寧織造一職，兼管官營、民營絲織業，以供奉朝廷，其實都是皇帝親信重臣，直接聽命于皇帝，收集情報，監督地方官員，事權遠過於絲織一業。

　　1840年中英鴉片戰爭爆發。英軍沿海北上，溯江直入心腹要地。1842年8月5日，英艦80余艘侵入南京江面，英軍登陸，擺出攻城架勢。儘管江寧郊區人民已在英勇抗擊，清廷欽差耆英、伊裏布仍乘小船登英艦求和。8月24日，清廷欽差備轎江邊，把英國侵略軍代表抬到靜海寺“議約”；29日，又在英艦“康華麗”號上俯首簽訂了中國近代史上第一個喪權辱國的不平等條約——《中英江寧條約》（又稱《南京條約》）。中國淪為半封建半殖民地的慘痛歷史，由此開始。

　　1853年春天，太平天國農民起義軍在天王洪秀全、東王楊秀清率領下，水陸兩路，從武昌循江東下，以到金陵“登小天堂”為號召，直取江寧。3月19日，攻佔江寧，遂定都，稱天京。定都天京後，太平天國頒布了中國歷史上第一個農民運動綱領《天朝田畝制度》，提出了政治、經濟、民族和男女平等的主張，雖然沒能真正實行，卻反映了農民民主意識的覺醒。太平天國建都南京11年，遺存史跡以洪秀全駐蹕的天朝宮殿和堂子街太平天國壁畫最為著名。

　　太平天國運動失敗以後，南京又重新成為清王朝兩江總督駐節之處。從19世紀60年代起，隨洋務運動開展，江寧出現了第一批軍火、電力、機器工廠，西方近代科技在全國較早地引進了古城南京。鐵路、輪船、西式醫院和學堂相繼在南京出現。開全國高等師範教育之先河的兩江師範學堂、規模居全國23行省之冠的江南貢院、重金收購丁丙八千卷樓藏書始建的江南圖書館等，也在這一時期構建起南京文化教育的新局面。